小鼠細胞中期染色體ncRNA組成的研究.pdf

1、中期染色體是真核細胞中最重要且最早發(fā)現(xiàn)的亞細胞結構之一，是DNA、蛋白質與RNA通過有序折疊而形成的高度復雜的高階結構。雖然如此，緣于技術與理論的種種局限，我們對結構的具體組成和裝配原則知之寥寥。作為解析其結構與功能的基礎，全面鑒定這一復雜結構的基本組成是重要的第一步。
　　近年來，組學技術的高速發(fā)展已經(jīng)使中期染色體的研究再次成為熱點和前沿。最近的蛋白組學研究發(fā)現(xiàn)了幾千種結合在中期染色體上的蛋白質分子，其中有幾百種被認為具有RNA

2、結合的可能。相對這一結果，目前已知的和有絲分裂中期染色體相關的RNA僅有U3和rRNA兩種。因此，中期染色體上存在大量未被認知的RNA的可能性不容忽視，而這些RNA很有可能在染色體的折疊等方面具有重要作用。
　　為了全面鑒定中期染色體上的RNA組成，本論文優(yōu)化了一種在高鹽處理下可以進一步去除非緊密結合的RNA或核糖核酸蛋白污染的蔗糖梯度離心的樣品提取方法，并建立了在有絲分裂染色體形態(tài)不發(fā)生顯著變化條件下的最佳處理條件。應用這一方法

3、，通過靶向5端的標簽測序，我們分析了小鼠3T3細胞中期染色體上結合的RNA群體（mCARs）。我們的結果共鑒定出1279種長mCARs，其主要組成為非編碼RNA（ncRNA）,其中的長鏈非編碼RNA（lncRNAs）和snoRNA在60種脊椎動物間分別呈現(xiàn)出比已注釋的lncRNA以及snoRNA整體更大的保守性。同時也有一些特定的短散在重復序列元件（SINE）RNA在染色體上發(fā)生了顯著的富集。我們的數(shù)據(jù)還證實了500種尚未被注釋的ncR

4、NA的存在。RNA熒光原位雜交（RNA FISH）等技術的驗證結果也與高通量測序結果一致。同時，采用不同的建庫方法，本文還通過高通量測序分析了中期染色體上小RNA的組成，發(fā)現(xiàn)共有8441種小RNA，其中只有301種是已經(jīng)注釋的miRNA。
　　綜上所述，本文中鑒定的中期染色體RNA和以前的蛋白組學及基因組學的研究結果一起，構成了第一個真核生物有絲分裂中期染色體分子組成的綜合目錄，為進一步揭示有絲分裂中期染色體的結構和分子機制提供了