納流控通道內(nèi)生物分子與離子遷移過(guò)程的分子模擬.pdf

1、納流控通道在單分子探測(cè)、分子過(guò)濾篩、DNA分離、微流控內(nèi)連接等許多方面表現(xiàn)出巨大的潛在價(jià)值。當(dāng)前，納流控中生物分子與離子的遷移特性與操縱已經(jīng)成為國(guó)際上的研究熱點(diǎn)之一，是實(shí)現(xiàn)納流控技術(shù)應(yīng)用的基礎(chǔ)。
　　分子動(dòng)力學(xué)模擬可以從分子水平上研究生物分子與離子的遷移過(guò)程，獲得實(shí)驗(yàn)無(wú)法得到的信息。本文利用GROMACS軟件，針對(duì)納流控中生物分子與離子的遷移特性進(jìn)行了分子動(dòng)力學(xué)模擬研究和分析。
　　首先，系統(tǒng)的研究了分子動(dòng)力學(xué)方法和所用軟件

2、GROMACS，構(gòu)建了3.1nm高度的平行板納米通道內(nèi)生物分子與離子遷移的分子動(dòng)力學(xué)模擬模型;搭建了基于分子動(dòng)力學(xué)的模擬方法;通過(guò)分子動(dòng)力學(xué)模擬研究了平行板納米通道內(nèi)單價(jià)離子溶液中的離子、分子的分布和流動(dòng)特性。
　　然后，研究分析了不同納米通道尺寸、不同離子濃度條件下以及不同電場(chǎng)強(qiáng)度對(duì)于納米尺度生物分子、離子的分布和流動(dòng)特性的影響，分析討論了以上幾種因素影響下離子與水分子的分布、蛋白質(zhì)分子的RMSD值和作用在整個(gè)模擬過(guò)程中的勢(shì)能。