遺傳退火法預(yù)測蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu).pdf

1、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測問題就是如何從蛋白質(zhì)的氨基酸序列出發(fā)預(yù)測它的構(gòu)象折疊。怎樣由一定的氨基酸順序排列的多肽鏈生成一定空間結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)，這是一個人類破譯生命奧秘的重大問題。蛋白質(zhì)的折疊問題就是通過蛋白質(zhì)的一級結(jié)構(gòu)來預(yù)測蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)。蛋白質(zhì)折疊熱力學(xué)假說中明確指出蛋白質(zhì)一級結(jié)構(gòu)可以完全決定其空間構(gòu)型，天然結(jié)構(gòu)下的蛋白質(zhì)的自由能是全局最小值。因而如何從一級結(jié)構(gòu)預(yù)測其三維構(gòu)型以及如何找到蛋白質(zhì)折疊能量函數(shù)的最小值就成為目前國內(nèi)外的研究熱點。蛋白質(zhì)

2、折疊過程是熱力學(xué)過程和動力學(xué)過程的綜合，其折疊的隨機(jī)性、過程的復(fù)雜性可想而知。因而要對折疊過程進(jìn)行研究，尋找能量函數(shù)的極小值必須借助簡化模型和特殊方法進(jìn)行。
　　本文的工作是在二維HP非格模型的基礎(chǔ)上展開的。蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測模型存在著大量的局部極小值，本文結(jié)合遺傳算法和模擬退火算法的特點，形成混合遺傳退火算法，并用于二維HP非格模型進(jìn)行蛋白質(zhì)折疊結(jié)構(gòu)預(yù)測，二維HP非格模型把20種氨基酸分為疏水性H和親水性P兩種殘基考慮。通過對遺傳退