生物信息學(xué)在家蠶中用應(yīng)用及Ras相關(guān)CTP結(jié)合蛋白C(BmRGPC的表達(dá)研究).pdf

1、家蠶不僅是進(jìn)行鱗翅目昆蟲研究的重要模式生物,同時也是具有中國特色的生物學(xué)資源。蛹體不僅具有重要的藥用價值和營養(yǎng)價值,而且能作為生物反應(yīng)器表達(dá)各種有重要功能的藥用蛋白。與家蠶的幼蟲相比,家蠶蛹更易于進(jìn)行蛋白質(zhì)的大規(guī)模表達(dá),因?yàn)樗子诒４?且不用飼養(yǎng),研究蠶蛹具有重要的生物學(xué)意義。
　　 為研究家蠶全變態(tài)的發(fā)育過程中,尤其是化蛾的過渡期--蛹期,蛋白質(zhì)的表達(dá)特征,在家蠶蛹期cDNA文庫基礎(chǔ)上,我們使用生物信息學(xué)手段,構(gòu)建出蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)

2、庫A,該數(shù)據(jù)庫的總記錄數(shù)為4104。
　　 在家蠶全基因組測序結(jié)束后,約有2萬條家蠶基因被發(fā)現(xiàn)。我們使用BGIGENRE FINDER(BGF)對6()家蠶全基因組序列進(jìn)行分析后,得到了蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫B,該數(shù)據(jù)庫的總記錄數(shù)為14,632。
　　 同時我們使用質(zhì)譜技術(shù)對家蠶蛹期的蛋白質(zhì)進(jìn)行了大規(guī)模測序,共獲得了81000條有效的肽段,選取其中得分超過閾值的肽段共55400條進(jìn)行數(shù)據(jù)加工和處理后,構(gòu)建了蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫C。

3、　　 由于三大數(shù)據(jù)庫都來自于家蠶,因此我們使用生物信息學(xué)手段對三大數(shù)據(jù)庫進(jìn)行分析,通過質(zhì)譜測定的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫C與數(shù)據(jù)庫A和B進(jìn)行信息學(xué)搜索,發(fā)現(xiàn)分別有6649條和250條蛋白質(zhì)序列能獲得有意義的匹配,比率大約為45.4％和7.8％。對所有通過匹配得到蛋白質(zhì)序列中進(jìn)一步分析,結(jié)果表明有1393條序列含有跨膜結(jié)構(gòu),976條序列含有信號肽。從中找到一條與腫瘤抑制相關(guān)的蛋白質(zhì)Ras-related GTP-binding Protein C(