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文檔簡介
1、目的:比較BLAST四種檢索程序以及不同水平不同E值的檢出量、查全率和查準(zhǔn)率的差異,并對可能影響B(tài)LAST檢索結(jié)果的各種參數(shù)從用戶的角度進(jìn)行全面系統(tǒng)的評價(jià),從而找出一種最有效的BLAST序列類似性檢索策略.結(jié)論:最有效的BLAST序列類似性檢索策略是:在BLAST程序選擇上,應(yīng)盡可能地利用BLASTP從蛋白質(zhì)水平進(jìn)行檢索,然后用BLASTX、TBLASTN、TBLASTX從DNA或蛋白質(zhì)翻譯水平進(jìn)行檢索,最后才用BLASTN進(jìn)行DNA水
2、平進(jìn)行檢索;如果為非編碼序列,最好采用BLASTN進(jìn)行檢索.無論是從DNA水平,還是蛋白質(zhì)水平進(jìn)行檢索,E值設(shè)為1即可滿足要求.通常情況下,只選用BLOSUM62傳頌代矩陣即可,如需要進(jìn)行徹底檢索,可選用PAM系列和BLOSUM系列的其他替代矩陣.程序默認(rèn)的空位罰分(11/1)基本能滿足檢索要求,但對具體的查詢序列,采用不同的空位罰分方法會(huì)取得不同的檢索效果.無率是DNA序列類似性檢索,還是蛋白序列類似性檢索,都應(yīng)該去除查詢序列中的低復(fù)
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