基于神經網絡的蛋白質折疊速率預測.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、蛋白質是一類最重要的生物大分子,在生物體內占有特殊的地位.蛋白質折疊是蛋白分子從它的變性狀態(tài)到達其具有生物活性的天然構象的過程,在這一過程中,不同的蛋白質其折疊速率有著很大的差異. 為了揭示蛋白質折疊速率的決定因素,許多工作者開展了大量的研究工作.迄今已提出許多基于結構的經驗參數,接觸序、長程序、二級結構含量、有效長度等,基于這些參數的各種預測方法所得到的預測結果也與實驗數據有著較好的吻合. 然而上述許多方法都需要預先知

2、道蛋白質的結構特性,或預測出其結構特征,再進行折疊速率預測.為了避免這些因素產生的影響,我們提出了一個直接從蛋白質的氨基酸序列出發(fā),不需要任何結構信息,用人工神經網絡方法預測其折疊速率的模型.首先將收集到的蛋白質氨基酸序列按其生物學特征數字化,如按氨基酸在螺旋構象中的平均自由能、氨基酸的出現頻率等特征對氨基酸賦值,獲得與一級序列相應的數字化序列；其次利用現代數字信號處理方法中的小波分析技術進行數據邊界處理,如對稱延拓、零延拓、平滑延拓等

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