基于機(jī)器學(xué)習(xí)的蛋白質(zhì)折疊模式預(yù)測研究.pdf

1、蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)決定其生物功能,折疊模式是蛋白質(zhì)空間拓?fù)涞囊环N分類表達(dá)。自然界中的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)約十多萬種而折疊模式的總數(shù)約一千多種。因此,蛋白質(zhì)折疊模式預(yù)測研究具有重要的科學(xué)意義和應(yīng)用價(jià)值。
　　 SCOP數(shù)據(jù)庫是人工分類的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類數(shù)據(jù)庫。本文對SCOP數(shù)據(jù)庫中蛋白質(zhì)的折疊模式進(jìn)行解讀,分析研究氨基酸串屬性與折疊模式的關(guān)系,并構(gòu)造分類器對氨基酸串的折疊模式進(jìn)行預(yù)測。
　　 首先,從SCOP數(shù)據(jù)庫中構(gòu)造了兩種訓(xùn)練集,對

2、訓(xùn)練集的氨基酸串根據(jù)生化知識(shí)分析抽取相關(guān)屬性,如氨基酸串的折疊模式、長度、頻率、疏水等。構(gòu)造相應(yīng)的SVM分類器,對一系列折疊預(yù)測的開放測試集進(jìn)行測試,并對預(yù)測結(jié)果進(jìn)行分析。
　　 面向從頭預(yù)測問題對訓(xùn)練集重新提取屬性,完整地保留氨基酸串屬性,分別構(gòu)造了SVM分類器和貝葉斯分類器,對測試集進(jìn)行預(yù)測,并分析預(yù)測結(jié)果的有用性。然后將折疊預(yù)測的結(jié)果應(yīng)用于從頭預(yù)測中,為從頭預(yù)測提供良好的片段庫,以提高從頭預(yù)測的精度。
　　 本文詳