機(jī)器學(xué)習(xí)在蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能預(yù)測(cè)中的應(yīng)用研究.pdf

1、華中科技大學(xué)博士學(xué)位論文機(jī)器學(xué)習(xí)在蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能預(yù)測(cè)中的應(yīng)用研究姓名：王燕申請(qǐng)學(xué)位級(jí)別：博士專(zhuān)業(yè)：系統(tǒng)分析與集成指導(dǎo)教師：許進(jìn)20061113III酸出現(xiàn)的頻率，這有助于π轉(zhuǎn)角的設(shè)計(jì)。（4）綜合使用支持向量機(jī)和PSSMs來(lái)預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)與RNA相互作用位點(diǎn)。我們考慮了兩種情況，僅僅知道與RNA相互作用的蛋白質(zhì)的序列信息和已知與RNA相互作用的蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)信息。當(dāng)僅已知序列信息時(shí)，最好的預(yù)測(cè)性能是使用PSSMs和預(yù)測(cè)的二級(jí)結(jié)構(gòu)作為輸入信息時(shí)

2、得到的，MCC值是0.432，是目前從序列出發(fā)預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)與RNA相互作用位點(diǎn)最好的預(yù)測(cè)性能。進(jìn)化信息對(duì)預(yù)測(cè)性能的提升起至關(guān)重要的作用。當(dāng)已知與RNA相互作用的蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)信息時(shí)，預(yù)測(cè)性能進(jìn)一步提升。（5）使用了簡(jiǎn)單的信息離散性度量方法來(lái)區(qū)分β桶形膜蛋白和球形蛋白。當(dāng)l=2時(shí)，經(jīng)過(guò)10折交叉驗(yàn)證，識(shí)別β桶形膜蛋白正確率是91％，識(shí)別球形蛋白的正確率是86％。它還能正確識(shí)別跨膜α螺旋蛋白，識(shí)別正確率為89％。此外，我們還用簡(jiǎn)并的氨基酸字符集