中蜂囊狀幼蟲病病毒（CSBV）基因組序列分析及其結(jié)構(gòu)蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測.pdf

1、中蜂囊狀幼蟲病病毒(CSBV)寄生于中華蜜蜂(Apiscerama)，對幼蟲危害甚大，可導(dǎo)致中華蜜蜂幼蟲死亡，對成蜂的行為和健康也有直接影響。CSBV屬于昆蟲小RNA樣病毒，基因組是單股正鏈ssRNA，使用末端快速擴增技術(shù)(RACE)獲得基因組末端序列。應(yīng)用mfoldserver預(yù)測出基因組末端的二級結(jié)構(gòu)，結(jié)果表明基因組5’端復(fù)雜的二級結(jié)構(gòu)有利于病毒基因組的復(fù)制同時也便于VPg(viralpeptidelinkedtothegenome

2、)共價連接到基因組5’端上，3’端的二級結(jié)構(gòu)起著穩(wěn)定基因組的作用。CSBV與同屬病毒啟動子附近RNA二級結(jié)構(gòu)比較發(fā)現(xiàn)AUG附近的結(jié)構(gòu)有很高的相似性，表明CSBV啟動子RNA二級結(jié)構(gòu)對病毒蛋白的翻譯起著重要作用。 CSBV只有一個開放讀碼框(ORF)，翻譯出多聚蛋白后剪切成為病毒結(jié)構(gòu)蛋白和非結(jié)構(gòu)蛋白。非結(jié)構(gòu)蛋白序列比對表明CSBV具有小RNA樣病毒所共有的保守序列，使用RNA依賴的RNA聚合酶(RdRp)氨基酸序列構(gòu)建進化樹分析出

3、CSBV在小RNA病毒科中的系統(tǒng)進化關(guān)系。CSBV四個結(jié)構(gòu)蛋白(VP1、VP2、VP3、VP4)之間的剪切位點尚不清楚，結(jié)合同屬其他病毒結(jié)構(gòu)蛋白之間的剪切規(guī)律，應(yīng)用神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)算法在線預(yù)測出CSBV結(jié)構(gòu)蛋白之間的剪切位點，再結(jié)合SDS-PAGE中結(jié)構(gòu)蛋白的分子量獲得四個結(jié)構(gòu)蛋白之間的剪切位點，得到VP1、VP2、VP3、VP4的氨基酸序列。使用Swiss-Model在線同源模建構(gòu)建出結(jié)構(gòu)蛋白的三維結(jié)構(gòu)，同時使用軟件模擬出四個結(jié)構(gòu)蛋白之間的相