基于SANDX-2序列變異和SLA-DQB第2外顯子的PCR-SSCP分析中國大陸地區(qū)野豬種群遺傳多樣性.pdf

1、野豬(Sus Scrofa)是家豬的祖先，主要分布于亞洲、歐洲及非洲的大部分地區(qū)。本文首先對單拷貝核DNA標記(single copy nuclear DNA，scnDNA)在種群遺傳學(xué)研究中的應(yīng)用進行綜述，然后分別基于SANDX-2序列變異和SLA-DQB第2外顯子的PCR-SSCP帶型，初步分析中國大陸地區(qū)野豬種群的遺傳多樣性，并對影響SLA-DQB進行SSCP分型的實驗因素進行了優(yōu)化。具體內(nèi)容如下： 1、研究測定了89個

2、中國野豬和1個家豬未知功能核基因SANDX-2位點的序列。序列比對后長510bp左右，發(fā)現(xiàn)有2處4種類型堿基缺失，30個位點發(fā)生堿基替換，共定義了19種單元型。在野豬中共發(fā)現(xiàn)18種單元型，其中7種只在某一地方種群中發(fā)現(xiàn)，11種為地方種群間共享單元型。用鄰接法基于核苷酸Kimura2-parameter模型構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹中，19種單元型被明顯分為2大支，但各枝得到的自展值均較低，且各亞種中出現(xiàn)的單元型散布在不同的進化枝中。結(jié)果表明SAND

3、X-2位點的單元型在中國野豬中未形成明顯的地理分布格局。若不考慮堿基的插入／缺失，用TCS構(gòu)建19種單元型網(wǎng)絡(luò)表明，單元型HAP2可能為一古老單元型，其他為衍生單元型。 2、研究優(yōu)化了PCR-SSCP分型條件后，采用PCR-SSCP方法對中國野豬5個地方種群的41個個體的SLA-DQB外顯子2進行分型。PCR-SSCP分型后共獲得8個等位基因，發(fā)現(xiàn)15種標記帶型，分別為AA、AB、BB、AC、AE、AH、BD、BF、BG、BH、

4、DD、DG、DH、GG、EE。在鄂倫春地方種群中有6種帶型，分別為AB，AE，AA，AC，EE和BB；紅星地方種群中有4種帶型，分別為AB，DH，BH和BB；古縣地方種群中有3種帶型，分別為AB，BB和AA；寶雞地方種群有7種帶型，分別為BB，BD，BF，BG，DG，GG和DD；金寨地方種群有3種帶型，分別為AB，BH和AH。在8個等位基因中，等位基因B廣泛分布在各個地理種群中。在中國野豬中，SLA-DQB外顯子2等位基因的平均期望雜合