果蠅中六個新的非編碼RNA的發(fā)現(xiàn)及鑒定.pdf

1、非編碼RNA(non-codingRNA，ncRNA)是一類功能廣泛的RNA分子，近年來越來越引起人們的關注和重視。特別是，一些小分子非編碼RNA參與了細胞生命活動的許多重要過程，行使十分復雜的生物學功能。在各種模式生物中發(fā)現(xiàn)和鑒定新的ncRNA，闡明其結構和功能，對揭示細胞中基因表達的RNA調控具有重要意義。本論文采用計算機分析與分子生物學實驗相結合的方法，對果蠅基因內含子中的ncRNA進行了研究。 采用計算機分析軟件VIST

2、A對模式生物黑腹果蠅(Drosophilamelanogaster)及其4個近緣種的基因組進行分析，在核仁蛋白基因nop5的第1個內含子中發(fā)現(xiàn)了一個新的snoRNA基因。采用Northern、逆轉錄和cDNA序列測定等實驗方法對該RNA分子的表達進行了驗證。在該snoRNA的Dbox上游有一段與28SrRNA互補、長度為10個核苷酸的功能序列，預測可指導28SrRNA上的C2673位的甲基化修飾，因此命名為Me28S-C2673snoR

3、NA。 采用VISTA程序進一步對果蠅中具有與核酸或蛋白質等分子相互作用即“Binding”功能的約2000個基因進行多物種序列保守性分析，發(fā)現(xiàn)了一批內含子保守區(qū)域。選擇13個內含子保守序列，設計合成特異性探針，Northern雜交驗證了5個新的ncRNA分子，其大小范圍在75到124個核苷酸之間。這5個ncRNA在果蠅卵、幼蟲、蛹、成蟲4個不同發(fā)育時期均有表達，其中cg4383-2-3在果蠅卵發(fā)育時期的表達量明顯高于其它三個時