基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的昆蟲(chóng)特異性序列及非編碼RNA基因的發(fā)現(xiàn).pdf

1、大規(guī)模測(cè)序產(chǎn)生越來(lái)越多的物種序列信息，從這些序列信息中發(fā)掘昆蟲(chóng)特異性的新基因有助于搜尋特異性的害蟲(chóng)基因沉默控制新靶標(biāo)，同時(shí)對(duì)新基因產(chǎn)生的機(jī)制，結(jié)構(gòu)及功能進(jìn)行研究具有重要的意義。
　　 本文對(duì)4種鱗翅目（二化螟、三化螟、稻縱卷葉螟、甜菜夜蛾）和4種同翅目（褐飛虱、灰飛虱、煙粉虱、白背飛虱）害蟲(chóng)的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行了生物信息學(xué)分析。利用Blast對(duì)兩個(gè)目的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行注釋。同時(shí)，從GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)中獲得人、小鼠、雞、牛、狗、豬、斑

2、馬魚(yú)、家蠶、蜜蜂、赤擬谷盜、果蠅、按蚊、豌豆芽、線蟲(chóng)、啤酒酵母15個(gè)物種的基因序列，將兩個(gè)目中的昆蟲(chóng)基因序列與上述15個(gè)物種的基因序列進(jìn)行同源性比對(duì)分析，從中尋找出兩個(gè)目中的特異性序列，并對(duì)這些特異性序列進(jìn)行GO分析，為害蟲(chóng)基因沉默控制提供前期序列基礎(chǔ)。
　　 目前，研究人員已明確發(fā)現(xiàn)非編碼RNA在生物體生命過(guò)程中的作用不容小覷。本文先利用PORTRAIT軟件對(duì)兩個(gè)目的害蟲(chóng)轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行非編碼RNA的預(yù)測(cè)，然后將預(yù)測(cè)結(jié)果與常用的非編

3、碼RNA數(shù)據(jù)庫(kù)（NONCODE、RFAM、RNADB）進(jìn)行同源性比對(duì)，最終確定在昆蟲(chóng)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中存在的的非編碼RNA。研究發(fā)現(xiàn)，除了在白背飛虱中發(fā)現(xiàn)的非編碼RNA數(shù)目相對(duì)較多外，其他物種中的非編碼RNA都比較少。分析認(rèn)為，非編碼RNA在序列上沒(méi)有蛋白編碼基因保守，基于序列保守性的同源分析可能無(wú)法有效地發(fā)現(xiàn)非編碼RNA。另一方面，solexa測(cè)序策略可能不利于非編碼RNA基因序列的富集，丟掉了大量的非編碼RNA基因信息，轉(zhuǎn)錄組可能不是用于