基因表達(dá)組織特異性及服務(wù)平臺(tái)研究.pdf

1、辨識(shí)和分析基因的表達(dá)模式對(duì)于理解生物體的內(nèi)在活動(dòng)機(jī)制、針對(duì)性的疾病診斷和藥物設(shè)計(jì)具有重要的作用。盡管當(dāng)前存在多種基因跨組織表達(dá)數(shù)據(jù)如微陣列、EST等，但是如何通過這些表達(dá)數(shù)據(jù)有效的劃分組織特異性基因并沒有統(tǒng)一的標(biāo)準(zhǔn)。本文針對(duì)上述問題，集成目前存在的表達(dá)數(shù)據(jù)分析方法，分別對(duì)微陣列和EST、表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行了分析，并將分析表達(dá)數(shù)據(jù)的方法和結(jié)果封裝成組織特異性服務(wù)平臺(tái)，通過該平臺(tái)可以快速獲得組織特異性基因。
　　 本文的主要內(nèi)容如下：

2、r>　　 為了有效的劃分組織特異性基因，我們分別對(duì)基因的兩種表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行了分析。微陣列數(shù)據(jù)涉及基因在人體84個(gè)組織中的表達(dá)數(shù)據(jù)，本文使用SPM和均值方差法判斷基因的組織特異性，將通過SPM獲得組織特異性基因與均值方差法獲得的結(jié)果進(jìn)行比較，兩者具有較高的重合率。EST數(shù)據(jù)包含基因在人體30個(gè)組織中的表達(dá)數(shù)據(jù)，可以通過計(jì)算EST表達(dá)富集值EE的大小，使用p-value的值來判斷某個(gè)基因是否為組織特異性基因，從而獲得每個(gè)組織中的組織特異性基

3、因。最后比較了微陣列和EST兩種表達(dá)數(shù)據(jù)分析結(jié)果，發(fā)現(xiàn)兩者結(jié)果具有較高的重合率，因此可以利用它們劃分組織特異性基因。
　　 針對(duì)當(dāng)前相關(guān)數(shù)據(jù)庫功能較為單一、信息較少，本文構(gòu)建了組織特異性基因服務(wù)平臺(tái)。該平臺(tái)將物種信息、組織及組織之間的關(guān)系、多種基因表達(dá)數(shù)據(jù)、基因特異性表達(dá)分析方法、分析結(jié)果、基因的描述信息，基因功能描述文獻(xiàn)等融合在一起。平臺(tái)可以提供多種組織特異性基因查詢方式，快速查找某個(gè)組織中對(duì)應(yīng)的組織特異性基因，獲取基因特異性