蛋白質(zhì)的折疊速率與其天然接觸數(shù)之間相關(guān)性的研究.pdf

1、在這篇論文里，以折疊速率和天然結(jié)構(gòu)已知的22個(gè)兩態(tài)小蛋白質(zhì)作為研究對(duì)象，討論了蛋白質(zhì)的折疊速率的對(duì)數(shù)與其基于結(jié)構(gòu)的天然接觸數(shù)之間的相關(guān)性隨“接觸”定義中兩參數(shù)的變化而變化的規(guī)律。結(jié)果表明，當(dāng)兩個(gè)氨基酸在序列上相隔12個(gè)氨基酸以上，而其c碳原子的直線距離小于5.85埃時(shí)，所研究的小蛋白的折疊速率的對(duì)數(shù)與其天然接觸數(shù)之間的線性相關(guān)性達(dá)到最大值，R=0.861。 用分子動(dòng)力學(xué)模擬方法研究了小蛋白天然結(jié)構(gòu)集合與其折疊速度的關(guān)系．根據(jù)蛋

2、白質(zhì)內(nèi)存在接觸的不同定義方式，利用分子動(dòng)力學(xué)模擬方法得到了10個(gè)小蛋白的一系列構(gòu)象集合，分析了其拓?fù)鋮?shù)與折疊速度的關(guān)系，并與PDB單構(gòu)象的情況進(jìn)行了比較．用含主鏈重原子的方式定義接觸，所計(jì)算的結(jié)果較好，天然結(jié)構(gòu)集合所計(jì)算的拓?fù)鋮?shù)與蛋白質(zhì)折疊速度的關(guān)系可以更真實(shí)地反映實(shí)際情況。 蛋白質(zhì)折疊速率預(yù)測(cè)是當(dāng)今生物物理學(xué)最具挑戰(zhàn)性的課題之一近年來(lái)，該領(lǐng)域的研究取得了很大的進(jìn)展，提出了許多經(jīng)驗(yàn)參數(shù)，例如：接觸序、長(zhǎng)程序、總接觸距離、鏈