基于基因表達水平識別人類肺癌和腎腫瘤的關鍵基因.pdf

1、癌癥是導致人類死亡的重大疾病之一。由于環(huán)境條件和人口老齡化等因素，我國的癌癥發(fā)病率逐年增加。因此，如何運用科學手段探索和防止癌癥已成為生物和醫(yī)學領域內的重大課題。癌癥屬于多基因和多通路互作導致的復雜疾病。隨著基因芯片、RNA-Seq等測序技術的出現，人們可以測定多個基因的表達水平變化，從而為構建大規(guī)模生物網絡提供了數據基礎。通過分析基于癌癥樣本數據構建的生物網絡，可深化認識已知的癌癥致病原因；也可預測癌癥發(fā)生的分子標記，從而為癌癥防治措

2、施的制定提供依據。因此，通過將基因表達譜與生物網絡相結合的研究方法，探索癌癥及其它復雜疾病的發(fā)生機制具有重要的生物學意義。本文基于基因芯片數據開展了人類肺癌和腎腫瘤兩方面的研究工作：
　　肺癌方面：首先，應用 PAM分類器篩選肺癌發(fā)生的差異表達基因，再通過 DAVID在線分析工具和 R語言的 SubpathwayMiner擴展包對差異表達基因進行 GO富集分析和亞通路富集分析，選取兩種富集分析結果的共有基因作為調控肺癌發(fā)生的關鍵基

3、因，最后根據正常和癌癥組的差異表達基因表達數據，分別構建差異表達基因調控網絡。通過分析關鍵基因在正常/肺癌調控網絡中的調控關系變化，發(fā)現 AGTR1、CD36、CDH5和 PECAM1基因可能通過與上下游基因脫離調控關系影響細胞跨膜區(qū)域的特性，從而促進肺癌發(fā)生。
　　腎腫瘤方面：應用 limma算法篩選正常組和腎腫瘤組樣本的差異表達基因，再基于差異表達基因在各樣本中的表達值，利用加權共表達網絡分析算法構建了腎腫瘤差異表達基因的共表