基于基因組和轉(zhuǎn)錄組分析金針菇的交配型.pdf

1、本研究利用實驗室已有的高巍通過原生質(zhì)體單核化技術(shù)得到的金針菇單核菌株 W23（交配型為A2B3）與L11(交配型為A1B1)為基礎(chǔ)，二者雜交獲得1123菌株。通過對三個菌株的菌絲體，以及1123菌株發(fā)育出的原基的轉(zhuǎn)錄組測序，結(jié)合本實驗室的單核菌株L11以及W23的基因組測序數(shù)據(jù)，分析了可親和菌株W23與L11的交配型基因的遺傳學(xué)分子結(jié)構(gòu)以及在不同生長發(fā)育時期的RNA水平的表達情況。
　　將單核菌株W23，L11雜交得到雜交菌株11

2、23。培養(yǎng)三個菌株的菌絲體并收集，與1123出菇實驗所得到的原基樣品送至深圳華大基因研究院（BGI），委托其進行RNA-Seq。對獲得的四個樣品的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分別以W23和L11為參考基因組，做了基因結(jié)構(gòu)優(yōu)化、表達注釋、差異表達分析、新轉(zhuǎn)錄本預(yù)測以及可變剪接分析等生物信息學(xué)分析。
　　本研究利用基因注釋結(jié)果，以及將NCBI已公布的交配型相關(guān)基因與組裝基因組同源比對，對同源片段補Gap，再次使用AUGUSTUS軟件基因預(yù)測的方法結(jié)合，

3、獲得兩株不同交配型菌株的A因子相關(guān)基因。W23菌株與L11菌株的A因子都包含兩個亞單位matAa與matAb。兩個菌株都獲得了三個HD基因以及與之連鎖的 MIP基因。每個菌株都含有4個NLS和11個Di，但是其Di所在位置以及部分序列略有區(qū)別。轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)揭示了HD基因在不同生長發(fā)育時期轉(zhuǎn)錄水平的表達規(guī)律。總體表現(xiàn)為在單核菌絲時期表達量偏低，當(dāng)質(zhì)配為雙核菌絲后，在雙核菌絲內(nèi)表達量升高明顯，發(fā)育出原基后，表達量持平或下降。
　　采用與

4、尋找A因子相關(guān)基因類似的方法，找到兩菌株的信息素受體基因。單核菌株W23與 L11菌株都包含有兩個有信息素前體基因配套的信息素受體基因，并經(jīng)過分析具有7次跨膜螺旋結(jié)構(gòu)。另外，在每個單核菌株中也都各發(fā)現(xiàn)5個類似信息素受體基因，經(jīng)過分析，內(nèi)含子數(shù)量以及跨膜結(jié)構(gòu)不規(guī)律，重要的是沒有信息素前體基因與之配套存在，這與擔(dān)子菌的 B位點結(jié)構(gòu)特點有些不符，故認為這5個信息素受體在金針菇菌絲質(zhì)配過程中沒有交配型因子的作用。對信息素受體以及相近物種系統(tǒng)進化