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1、中南大學(xué)碩士學(xué)位論文高通量引物評(píng)價(jià)系統(tǒng)—PrimerEvaluat姓名:朱贊華申請(qǐng)學(xué)位級(jí)別:碩士專(zhuān)業(yè):遺傳學(xué)指導(dǎo)教師:夏家輝20050501ABSTRACTWiththepublicationofthelatesthumangenomesequenceandthefurtherdevelopmentofthestudyondisease—associatedgenes,theapplicationofPolymeraseChainRea
2、ction(PCR)hasreachedatotallynewlevelinmoleculargeneticsresearchAndoptimalprimerisakeyfactortoobtainhi曲qualityresultsinthePCRUnfortunately,forprimerevaluation,thereareonlyseveraltoolswithverysimplefunctionCanbeaccessedNon
3、eofthemCallprovidebatchalignmentbetweenprimersandthehumangenome/regularrepeatedsequences,orderiveanumberofampliconsfromthetemplateatonetime,orprovidebatchcalculationofprimerparameters,orevaluatepairsofprimers’interaction
4、witheachotherinonereactionsystemSesearchershavetodothesejobsinatime—consumingandexhaustingwaybyrepeatingsomeproceduresmechanicallyToprovideautomatedbatchevaluationofPCRprimer,wedevelopedaBrowser/Servermodeapplicationwhic
5、hrunsundertheApacheH丌PserverTheapplicationwasnamedPrimerEvaluatorItusesthelatesthumangenomeandotherdatafrominternationalbiologicaldatabases,combineswithDNannotatorwhichisallannotationtoolforregionalgenomicsequencesPrimer
6、EvaluatorusesisPcrandPrimer3asmajordataprocessingcomponentsItcoveredalmostallaspectsofprimerqualityjudgmentandmanagedtomakeallfunctionsmentionedabovecomeintealityFurthermore,it’Squiteeasytouseandprovidesdetailedinformati
7、onaboutprimersinseveraldifferentformats,whichcanbeeasilyunderstoodandimportedintodatabasesThisprojectappliesbioinformaticstechnologytoexperimentofourresearchAnovelinformaticstoolfordataacquisition,dataanalysisanddatastor
8、ageisdevelopedAfullyfunctionalprimermanagementsystemhasbeenestablishedItbrokethe“bottleneck’ofassaydesignHopefullyitcouldacceleratetheprogressofmoleculargeneticsresearch,especiallythediseaseassociatedgeneresearchPrimerEv
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