高通量測序在腫瘤臨床中的應(yīng)用

1、高通量測序在腫瘤臨床中的應(yīng)用,戴 軍2015年3月,目錄,高通量測序技術(shù)發(fā)展簡介高通量測序在腫瘤臨床中的應(yīng)用情況高通量測序在腫瘤臨床中的應(yīng)用之我見,高通量測序技術(shù)發(fā)展簡介,,,高通量測序？,高通量測序技術(shù)（High-throughput sequencing）能一次并行對幾十萬到幾百萬條核酸分子進行序列測定。又稱下一代測序技術(shù)（Next-Generation Sequencing ，NGS）、深度測序(Deep seque

2、ncing)。,一代測序VS高通量測序,生命科學(xué)在分子生物水平上的飛速發(fā)展,1962年諾貝爾生理醫(yī)學(xué)獎DNA雙螺旋結(jié)構(gòu),1980年諾貝爾生化學(xué)獎DNA測序方法,基因組測序幫助人類解讀生命之書,15年（1990-2005）,30億美元30億堿基對,99.99%覆蓋率,,1977年，Sanger、Maxam和Gilbert創(chuàng)立的“酶法”“化學(xué)法”DNA測序，標志著分子生物學(xué)研究新時代的到來。,2005年底，454公司推出了革命

3、性的測序儀。,ABI公司于2007年底推出了SOLiD 第二代測序平臺。,測序技術(shù)發(fā)展簡史,2010年Ion torrent Semiconductor Sequensing,第二代測序技術(shù),第三代測序技術(shù),2006年Illumina公司推出了Solexa測序技術(shù)。,2011年pacbio單分子實時測序,高通量測序技術(shù)的發(fā)展,2005年 454 Pyrosequencing2006年 Solexa Sequencing-by

4、-Synthesis2007年 ABI SOLiD2008年 Helicos tSMS Sequencing2010年 Ion torrent Semiconductor Sequensing2011年 Pacific Biosciences SMRT Sequensing2014年 Oxford Nanopore Technologies2015年 10X Genomics

5、 GemCode?Platform,8,現(xiàn)有主要高通量測序儀開發(fā)商,2014年4月美國國家人類基因組研究所（NHGRI)提供數(shù)據(jù),2001年 ，一億美元2007年，一千萬美元2008年， 一百萬美元2009年， 十萬美元2011年， 一萬美元2014年， 一千美元,高通量測序有什么用,以解決人類好奇為目的的科研工作工業(yè)、農(nóng)業(yè)、畜牧生產(chǎn)的基因應(yīng)用健康服務(wù)也得基因指導(dǎo)臨床的基因檢測,高通量測序在臨床方面的應(yīng)用,

6、生育腫瘤用藥指導(dǎo)傳染病移植分型個人DNA咨詢,高通量測序在腫瘤臨床中的應(yīng)用情況,腫瘤,,腫瘤是基因突變逐漸累積的結(jié)果,腫瘤的特征,異質(zhì)性低頻突變,高通量測序在腫瘤臨床中的應(yīng)用,1.預(yù)防—腫瘤基因檢測2.診治—個性化用藥指導(dǎo)3.預(yù)后—復(fù)發(fā)監(jiān)測和藥效評估,安吉麗娜·朱莉（Angelina Jolie，1975年6月4日－），好萊塢著名電影明星、社會活動家、聯(lián)合國高級難民署特使。曾獲得72屆奧斯卡最佳女配角，81屆

7、奧斯卡最佳女主角提名。2005年當選世界著名男性雜志《男人幫》一年一度的百大性感女星排行榜第1位。2013年5月14日，安吉麗娜·朱莉在《紐約時報》發(fā)表《我的醫(yī)療選擇》，引發(fā)全球性對乳腺癌的關(guān)注，《時代》雜志更以她為封面，詳述安吉麗娜效應(yīng)。,案例-安吉麗娜·朱莉的故事,診斷,2012年華盛頓大學(xué)的一位專門研究白血病的醫(yī)生Lukas Wartman自己不幸患上了這種癌癥。在化療和骨髓移植并未完全見效的情況下，他的同事

8、們?yōu)樗哪[瘤細胞及健康細胞進行了基因組測序并進行對比。發(fā)現(xiàn)FLT3基因的異常表達導(dǎo)致了這種疾病，而后輝瑞制藥免費提供了FLT3基因的抑制劑舒尼替尼，在有針對性的治療下白血病得到了控制。,復(fù)發(fā)風(fēng)險監(jiān)測,根據(jù)2011年《NCCN乳腺癌臨床實踐指南》，部分侵襲性乳腺癌患者可以使用21基因預(yù)測化療收益和10年內(nèi)乳腺癌的復(fù)發(fā)風(fēng)險。,21基因檢測通過研究21個基因（16個癌癥相關(guān)基因、5個參考基因）的表達，計算復(fù)發(fā)風(fēng)險值和評估化療收益。,高通量測序

9、在腫瘤臨床中應(yīng)用優(yōu)勢,進入市場面臨的難題,技術(shù)層面-步驟復(fù)雜，操作要求高政策層面-國家尚未開始試點科學(xué)支撐-致病機理不明確，可用生物標記與驅(qū)動基因有限臨床操作-取樣等面臨難度指導(dǎo)方案-缺乏臨床使用指導(dǎo)方案,市場情況,競爭公司華大、達安、博奧、貝瑞和康、0百邁客、安諾優(yōu)達、美吉等主要產(chǎn)品：遺傳性癌癥、乳腺癌、卵巢癌、結(jié)直腸癌、肺癌、前列腺癌等。,瓶頸,監(jiān)管生物信息學(xué),發(fā)展,循環(huán)腫瘤細胞,單細胞測序,癌癥圖譜計劃,2015年

10、1月，迄今為止最大的癌癥圖譜計劃TCGA計劃宣布完成，該計劃完成了1萬例的癌癥基因組測序工作，提供的數(shù)據(jù)成為國際癌癥基因組協(xié)會最大的組成部分，該計劃匯聚了來自16個國家的科學(xué)家，并發(fā)現(xiàn)了接近10萬個與癌癥相關(guān)的基因突變。,精細化醫(yī)療,美國總統(tǒng)奧巴馬在2015年國情咨文演講中提出“精確醫(yī)學(xué)計劃”，提議在2016財年向該計劃投入2.15億美元，推動個性化醫(yī)療發(fā)展。在這筆2.15億美元預(yù)算中，1.3億美金將分配給NIH(美國國立衛(wèi)生研究院)

11、，用于首批志愿者的招募和測序；7000萬美金給NIH的癌癥研究所，用于解碼腫瘤基因及助力開發(fā)新的療法；,高通量測序在腫瘤臨床中的應(yīng)用之我見,應(yīng)對政策,利用市場空窗期積極技術(shù)儲備（生物信息分析）以點突破，積極開發(fā)致病機理明確的產(chǎn)品積極申請資質(zhì)，搶占先機（臨床試點、室間質(zhì)評）積極與知名醫(yī)院及相關(guān)專家合作，取得業(yè)內(nèi)認可，提高知名度與相關(guān)醫(yī)藥企業(yè)合作開展臨床試驗,市場是巨大的,2012年統(tǒng)計中國每年新發(fā)腫瘤約310萬人，死亡270萬人,