高通量核酸測(cè)序技術(shù)及其在原始現(xiàn)生物種microRNA表達(dá)分析中的應(yīng)用.pdf

1、MicroRNA通過與mRNAs中的3'端非編碼區(qū)域(untranslated region，UTR)作用，引起靶基因的降解或抑制其翻譯，最終達(dá)到抑制特定基因表達(dá)的目的。3'UTR的演化可能與其microRNA的結(jié)合位點(diǎn)的減少或者增加有關(guān)，從而microRNA可以通過對(duì)其靶標(biāo)的影響在生物演化中起到關(guān)鍵性作用。因此可將microRNA看做是一種研究物種演化發(fā)育的標(biāo)簽分子。本論文通過對(duì)文昌魚和舌形貝microRNA的測(cè)序，分析了microR

2、NA在原始現(xiàn)生物種中的表達(dá)差異，為相關(guān)動(dòng)物類群演化起源的研究提供了基礎(chǔ)。
　　文昌魚（Branchiostoma lanceolatum）屬于頭索動(dòng)物亞門（Cephalochordata）。比較基因組學(xué)研究表明，頭索動(dòng)物亞門是現(xiàn)存脊索動(dòng)物門（Chordata）中最為原始的亞門。文昌魚做為頭索動(dòng)物亞門現(xiàn)存的唯一代表，對(duì)研究脊索動(dòng)物早期的演化起源具有重要的生物學(xué)意義。本論文中，我們提取成體文昌魚的總RNA，然后以標(biāo)準(zhǔn)方法特異性提取其中

3、的總MicroRNA，運(yùn)用東南大學(xué)自主研發(fā)的AG-100高通量測(cè)序平臺(tái)檢測(cè)成體文昌魚的microRNA表達(dá)狀態(tài)，通過逐級(jí)分析成體文昌魚與現(xiàn)生尾索動(dòng)物（Urochordata）和脊椎動(dòng)物（Vertebrata）、microRNA分布關(guān)系，推測(cè)出脊索動(dòng)物門基因組可能擁有l(wèi)et-7a、let-7b、miR-125、miR-34、miR-184、miR-33和miR-210等7個(gè)microRNA，為研究脊索動(dòng)物門microRNA的演化起源提供研

4、究基礎(chǔ)。
　　腕足動(dòng)物門（Brachiopoda）是最古老的Bodyplan之一，最早發(fā)現(xiàn)于早寒武世，繁盛于志留、泥盆二紀(jì)，其后延續(xù)至今。多數(shù)腕足動(dòng)物類群現(xiàn)已滅絕，舌形貝（Lingula Bruguire）是僅存的現(xiàn)生腕足動(dòng)物之一，對(duì)探索原口動(dòng)物與后口動(dòng)物共同祖先（Protostome-deuterostome ancestor,PDA）的microRNA祖征(Plesiomorphy)狀態(tài)具有重要的研究?jī)r(jià)值。本論文中，我們提取成

5、體舌形貝的總RNA,運(yùn)用東南大學(xué)自主研發(fā)的AG-100高通量測(cè)序平臺(tái)檢測(cè)成體舌形貝的microRNA表達(dá)狀態(tài)，逐級(jí)分析成體舌形貝與現(xiàn)生觸手冠類群（Lophophorata）、冠輪動(dòng)物（Lophotrochozoa）和所有兩側(cè)對(duì)稱動(dòng)物的microRNA分布關(guān)系。推測(cè)出PDA基因組可能擁有l(wèi)et-7、miR-10、miR-133、miR-184和miR-92等5個(gè)microRNA，為microRNA在真后生動(dòng)物（Eumetazoa)億萬年演