29657.統(tǒng)計建模分析高通量生物數(shù)據(jù)及其應(yīng)用

1、山東大學(xué)博士學(xué)位論文統(tǒng)計建模分析高通量生物數(shù)據(jù)及其應(yīng)用姓名：王文惠申請學(xué)位級別：博士專業(yè)：概率論與數(shù)理統(tǒng)計指導(dǎo)教師：欒貽會孫豐珠20091120山東大學(xué)博士學(xué)位論文數(shù)估計方法，例如極大似然估計，有可能體現(xiàn)二階和三階度分布交互模型在預(yù)測功能模塊方面的優(yōu)勢2從蛋白質(zhì)功能域交互網(wǎng)絡(luò)出發(fā)，在蛋白質(zhì)功能域上定位致病變異對導(dǎo)致人類復(fù)雜疾病的遺傳變異的辨識和致病基因的定位是非常重要的蛋白質(zhì)分子一般由數(shù)個蛋白質(zhì)功能域組成我們假設(shè)有害的遺傳變異會導(dǎo)致蛋白

2、質(zhì)功能域結(jié)構(gòu)發(fā)生變化，影響蛋白質(zhì)功能，并最終導(dǎo)致疾病以此為出發(fā)點，我們探索利用蛋白質(zhì)功能域交互網(wǎng)絡(luò)恢復(fù)蛋白質(zhì)功能域與疾病之間的關(guān)聯(lián)關(guān)系根據(jù)非同義單核苷酸多態(tài)性與復(fù)雜疾病之間的關(guān)聯(lián)關(guān)系，我們定義蛋白質(zhì)功能域與復(fù)雜疾病之間的關(guān)聯(lián)關(guān)系以蛋白質(zhì)功能域交互網(wǎng)絡(luò)為出發(fā)點，我們提出了”guilt—byproximity’’方法：根據(jù)候選功能域與種子功能域之間在蛋白質(zhì)功能域交互網(wǎng)絡(luò)中的平均距離對候選蛋白質(zhì)功能域排序我們用大規(guī)模交叉驗證試驗的方法在模擬連

3、鎖區(qū)間，隨機控制集合和整個基因組三種情況下驗證了我們的方法通過致病蛋白質(zhì)功能域的AUC值和平均排名比率對方法進行量化驗證結(jié)果表明：我們的方法的AUC值為779％，平均排名比率為2182％我們進一步對整個基因組中蛋白質(zhì)功能域與疾病之間的關(guān)聯(lián)關(guān)系進行了排名，并提供了免費的查詢網(wǎng)站這個網(wǎng)站為定位導(dǎo)致復(fù)雜疾病的遺傳變異提供了有用的信息3在候選位點存在強連鎖不平衡的條件下辨識功能位點在單個基因區(qū)域中，多個生物學(xué)標(biāo)記有可能表現(xiàn)出強烈的連鎖不平衡性某

4、種表現(xiàn)型可能與數(shù)個生物學(xué)標(biāo)記之間有強列的統(tǒng)計相關(guān)性鄰居位點上變異之間的連鎖不平衡，尤其是強連鎖不平衡不僅為辨識與特定表現(xiàn)型相關(guān)的生物學(xué)標(biāo)記制造了困難，而且阻礙了區(qū)分功能相關(guān)變異和非功能相關(guān)變異在第四章中，我們考慮了5種不同的方法：助推法，Lasso，嶺回歸，逐步回歸和單位點分析在變異之間存在連鎖不平衡的情況下，我們利用模擬比較這五種方法預(yù)測功能變異的表現(xiàn)我們發(fā)現(xiàn)：如果有100個樣本，在20位點之間存在強連鎮(zhèn)不平衡的條件下，嶺回歸表現(xiàn)最好