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文檔簡介
1、RNA的二級結構在基因表達產物的成熟，調控和功能等各方面都發(fā)揮著非常重要的作用。RNA折疊的形式和頻率的深入研究有助于理解在體內RNA是如何行使其生物學功能。隨著近些年高通量測序技術的發(fā)展，化學修飾（或鏈特異性酶切技術）與高通量測序的緊密結合，使我們在全基因組水平上研究RNA的二級結構成為可能。
通過分析擬南芥體內硫酸二甲酯(DMS)修飾位點的高通量數(shù)據(jù)，分別利用兩種計算方法（PARS和Structure-seq計算方法）進行
2、處理。結果發(fā)現(xiàn)，兩組方法預測的RNA二級結構得出的結果具有比較一致的相關性。同時，第一次提出使用Index值來反映RNA被修飾的程度?；騁O富集分析表明，全基因組水平上Index值位于Top10％的轉錄本主要富集在三個生物學過程:(a)響應外界刺激應答反應;(b)轉運過程;(c)能量代謝過程。最后研究發(fā)現(xiàn)，RNA能夠被miRNA靶定的區(qū)域的RNA二級結構平均得分，顯著的高與同其上下游各50個核苷酸的區(qū)域的平均得分，表明miRNA靶定位
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