川牛膝全基因組高通量測序及初步數(shù)據(jù)分析.pdf

1、SichuanAgriculturalUniversityMasterDissertationCyathulaOfficinalisKuanHighthroughputGenomeSequencingandPreliminaryDataAnalysisBy物nShenDirectedbyProfTianMengliang(Genetics)Chengdu611130，SichuanPRChinaJune，2014摘要J11牛膝(Cyat

2、hulaofficinaiisKuan)是中國傳統(tǒng)唪藥材之一，也是莧科杯莧屬植物中唯一在我國被大規(guī)模人工種植、開發(fā)利用的品種。但是，同其它中藥植物一樣，目前對川牛膝的研究仍主要集中在化學(xué)成分、品質(zhì)監(jiān)測、藥理活性等方面，使用研究手段也仍然停留在實驗生物學(xué)階段，急需從更深入的角度進(jìn)行研究和探索。目前高通量測序技術(shù)作為基因組學(xué)最重要的研究技術(shù)之一，被大量應(yīng)用于作物研究方面。但是，由于其程序復(fù)雜，投入大，對于大量類似于川牛膝等藥用植物來說，進(jìn)行

3、傳統(tǒng)的高通量測序，完成整個流程需要耗費大量的資金。以目前我國實際經(jīng)濟社會發(fā)展水平和產(chǎn)業(yè)基礎(chǔ)來考慮，缺乏推廣應(yīng)用價值。因此，開發(fā)藥用植物簡化基因組從頭測序流程，并評價其實際結(jié)果、考察其應(yīng)該用推廣價值具有了重大的研究意義。本研究通過小深度高通量測序及后續(xù)數(shù)據(jù)處理及分析，建立起了一套數(shù)據(jù)預(yù)處理技術(shù)。此外，還探索了不同數(shù)據(jù)組裝方法對川牛膝小深度全基因組從頭測序拼裝結(jié)果的影響，并在最終數(shù)據(jù)中對影響』tl牛膝品質(zhì)的關(guān)鍵化合物合成通路上的相關(guān)基因進(jìn)行