川牛膝全基因組高通量測(cè)序及初步數(shù)據(jù)分析.pdf

1、SichuanAgriculturalUniversityMasterDissertationCyathulaOfficinalisKuanHighthroughputGenomeSequencingandPreliminaryDataAnalysisBy物nShenDirectedbyProfTianMengliang(Genetics)Chengdu611130，SichuanPRChinaJune，2014摘要J11牛膝(Cyat

2、hulaofficinaiisKuan)是中國(guó)傳統(tǒng)唪藥材之一，也是莧科杯莧屬植物中唯一在我國(guó)被大規(guī)模人工種植、開(kāi)發(fā)利用的品種。但是，同其它中藥植物一樣，目前對(duì)川牛膝的研究仍主要集中在化學(xué)成分、品質(zhì)監(jiān)測(cè)、藥理活性等方面，使用研究手段也仍然停留在實(shí)驗(yàn)生物學(xué)階段，急需從更深入的角度進(jìn)行研究和探索。目前高通量測(cè)序技術(shù)作為基因組學(xué)最重要的研究技術(shù)之一，被大量應(yīng)用于作物研究方面。但是，由于其程序復(fù)雜，投入大，對(duì)于大量類(lèi)似于川牛膝等藥用植物來(lái)說(shuō)，進(jìn)行

3、傳統(tǒng)的高通量測(cè)序，完成整個(gè)流程需要耗費(fèi)大量的資金。以目前我國(guó)實(shí)際經(jīng)濟(jì)社會(huì)發(fā)展水平和產(chǎn)業(yè)基礎(chǔ)來(lái)考慮，缺乏推廣應(yīng)用價(jià)值。因此，開(kāi)發(fā)藥用植物簡(jiǎn)化基因組從頭測(cè)序流程，并評(píng)價(jià)其實(shí)際結(jié)果、考察其應(yīng)該用推廣價(jià)值具有了重大的研究意義。本研究通過(guò)小深度高通量測(cè)序及后續(xù)數(shù)據(jù)處理及分析，建立起了一套數(shù)據(jù)預(yù)處理技術(shù)。此外，還探索了不同數(shù)據(jù)組裝方法對(duì)川牛膝小深度全基因組從頭測(cè)序拼裝結(jié)果的影響，并在最終數(shù)據(jù)中對(duì)影響』tl牛膝品質(zhì)的關(guān)鍵化合物合成通路上的相關(guān)基因進(jìn)行