人類核糖核苷酸還原酶的模擬分子對(duì)接.pdf

1、核糖核苷酸還原酶(RR)是人類體內(nèi)唯一的催化4種核糖核苷酸還原、生成相應(yīng)的脫氧核糖核苷酸的酶。研究表明，人體小亞基R2能促進(jìn)各種致癌基因的轉(zhuǎn)變，提高癌細(xì)胞的入侵能力。因此通過(guò)研究R2抑制劑，抑制腫瘤細(xì)胞的生成和轉(zhuǎn)移，已成為治愈人類癌腫的靶點(diǎn)研究之一，越來(lái)越受到關(guān)注。本文從結(jié)構(gòu)生物信息學(xué)的角度研究人體中RR的小亞基R2蛋白質(zhì)。首先，我們應(yīng)用metaPocket2.0找出R2表面上可能的小分子作用位點(diǎn)，應(yīng)用AutoDock Vina蛋白質(zhì)與

2、小分子對(duì)接軟件對(duì)ZINC、DrugBank和PDB數(shù)據(jù)庫(kù)中大規(guī)模的小分子進(jìn)行了虛擬篩選，篩選出9個(gè)可用于實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的小分子化合物。我們篩選出一個(gè)新的R2抑制劑，格列喹酮，它與2個(gè)活性位點(diǎn)的結(jié)合親和力值最好，為下一步實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證提供依據(jù)。接著，我們應(yīng)用ZDOCK蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)對(duì)接軟件進(jìn)行R1和R2模擬對(duì)接，并利用metaPPI預(yù)測(cè)出R1和R2上的蛋白質(zhì)結(jié)合位點(diǎn)，構(gòu)造出4種RR全酶模型。最后，通過(guò)從結(jié)構(gòu)和序列上比較人類R2與大腸桿菌的R2，以及通