相關(guān)鯉科魚類微衛(wèi)星的分離及體重、眼徑、眼間距的QTL定位.pdf

1、本研究采用磁珠富集法、通過質(zhì)粒檢測(cè)法結(jié)合同位素雜交檢測(cè)獲得草魚三、四核苷酸陽性克隆1378個(gè)，測(cè)序705個(gè)，共得到846個(gè)微衛(wèi)星座位，其中完美型632個(gè)(占74.7％)，非完美型114個(gè)(占13.48％)，混合型100個(gè)(占11.82％)。根據(jù)微衛(wèi)星側(cè)翼序列設(shè)計(jì)并合成100對(duì)微衛(wèi)星引物，檢測(cè)結(jié)果顯示35對(duì)(35％)引物在邗江野生群體中表現(xiàn)出多態(tài)性。選擇其中20對(duì)多態(tài)性穩(wěn)定的引物進(jìn)行遺傳多樣性分析，結(jié)果顯示，20個(gè)位點(diǎn)共檢測(cè)到212個(gè)等位

2、基因，平均觀察雜合度(Ho)為0.6811，平均期望雜合度(He)為0.7975，平均多態(tài)信息含量為0.7777。
　　 利用217個(gè)微衛(wèi)星標(biāo)記和336個(gè)SNPs標(biāo)記對(duì)德國鏡鯉F2代68個(gè)個(gè)體基因組。DNA進(jìn)行基因型檢測(cè)，使用JoinMap4.0軟件構(gòu)建鏡鯉的遺傳連鎖圖譜。其中507個(gè)標(biāo)記(微衛(wèi)星標(biāo)記186個(gè)，SNPs標(biāo)記321個(gè))共組成62個(gè)連鎖群，其余46個(gè)標(biāo)記未能定位到連鎖群上。圖譜總長度為2805.85cM，標(biāo)記間平均距

3、離為6.31cM。構(gòu)建的連鎖群中最大的為第11連鎖群，由19個(gè)標(biāo)記組成，圖距為119.5cM，標(biāo)記間平均距離為6.64cM；最小的為第21、52、53、61、62五個(gè)連鎖群，圖距僅為1.5cM。
　　 利用軟件MapQTL4.0采用區(qū)間作圖法對(duì)體重、眼徑、眼間距三種性狀進(jìn)行QTL定位分析。結(jié)果顯示：(1)共檢測(cè)到14個(gè)與體重性狀有關(guān)的QTLs，分布于9個(gè)連鎖群。其中BW-5-1有最大的LOD值，為4.46；BW-1-1的LOD值

4、最小，為2.25。單個(gè)QTL平均解釋表型變異介于14.10％～45.50％之間，其中貢獻(xiàn)率大于20％的主效QTLs有9個(gè)；(2)共檢測(cè)到10個(gè)與眼徑性狀有關(guān)的QTLs，分布于9個(gè)連鎖群。其中EL-37-2有最大的LOD值，為2.88；EL-11-1的LOD值最小，為2.22。單個(gè)QTL平均解釋表型變異介于15.83％～34.93％之間，其中貢獻(xiàn)率大于20％的主效QTLs有4個(gè)；(3)共檢測(cè)到10個(gè)與眼間距性狀有關(guān)的QTLs，分布于8個(gè)連

5、鎖群。其中WBL-1-2有最大的LOD值，為3.66；WBL-35-1的LOD值最小，為2.16。單個(gè)QTL平均解釋表型變異介于13.50％～26.60％之間，其中貢獻(xiàn)率大于20％的主效QTLs有4個(gè)。
　　 利用已有的生物信息學(xué)工具，將與體重相關(guān)的SNPs標(biāo)記與斑馬魚蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫進(jìn)行同源搜索分析，取期望值=1e-05的基因注釋，結(jié)果發(fā)現(xiàn)：SNP1480、SNP1103、SNP1067、SNP0919標(biāo)記分別與斑馬魚的ACA

6、DMprotein、Pancreaticamylasealpha2、Apoebprotein、Gapdhprotein相匹配。ACADMprotein為特異性中鏈(C4-C12)?；o酶A脫氫酶蛋白，催化線粒體脂肪酸B氧化途徑第一步。Alpha2pancreaticamylase為α-2胰淀粉酶，水解低聚糖和多聚糖中的a-1，4-糖苷鍵，是生物體細(xì)胞內(nèi)糖代謝過程的重要酶。Apoebprotein參與脂質(zhì)運(yùn)輸和脂蛋白的代謝。Gapdhpr