PDB樣板庫(kù)的構(gòu)建和Yeast基因組編碼區(qū)特征參數(shù)的研究.pdf_第1頁(yè)
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1、按照分辨率較高、同一性較低的標(biāo)準(zhǔn),從PDB庫(kù)中選取高質(zhì)量的蛋白質(zhì)空間結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù),構(gòu)建了精度高于2.5A、序列同一性低于25﹪的樣板數(shù)據(jù)庫(kù)SLCTBASE,其中有效殘基數(shù)近19萬(wàn).在構(gòu)建庫(kù)過(guò)程中,對(duì)PDB原始數(shù)據(jù)文件進(jìn)行了詳細(xì)檢驗(yàn),發(fā)現(xiàn)基中包含有錯(cuò)誤及可疑數(shù)據(jù).該文還統(tǒng)計(jì)了SLCTBASE中主鏈鍵長(zhǎng)、CA-CA距離、二面角的分布情況.并且提出了建庫(kù)標(biāo)準(zhǔn):以分辨率為主要選擇依據(jù)的基礎(chǔ)上,采取綜合打分的方法,全面地衡量一個(gè)序列質(zhì)量的高低.引入同

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