醫(yī)學(xué)遺傳資料統(tǒng)計(jì)分析方法的研究與SAS實(shí)現(xiàn).pdf

1、數(shù)理統(tǒng)計(jì)分析方法在醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)的發(fā)展過(guò)程中發(fā)揮了不可替代的作用，隨著基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)的發(fā)展、遺傳學(xué)實(shí)驗(yàn)技術(shù)的不斷更新，許多遺傳統(tǒng)計(jì)分析技術(shù)已經(jīng)成熟，應(yīng)用越來(lái)越普及，同時(shí)新的分析方法不斷地涌現(xiàn)出來(lái)。針對(duì)新的、更為復(fù)雜的方法如何運(yùn)用，成熟、普及方法如何快速實(shí)現(xiàn)計(jì)算是當(dāng)今醫(yī)學(xué)遺傳科研人員面臨的問(wèn)題。本研究針對(duì)醫(yī)學(xué)遺傳資料統(tǒng)計(jì)分析方法進(jìn)行了比較細(xì)致的研究，特別是遺傳結(jié)果多重比較的校正、多個(gè)位點(diǎn)與疾病的關(guān)聯(lián)研究、連鎖分析等問(wèn)題，通過(guò)反復(fù)測(cè)算，提出了自己的見

2、解，并將全部方法運(yùn)用世界權(quán)威的統(tǒng)計(jì)分析軟件一SAS軟件，通過(guò)調(diào)用過(guò)程步、編程實(shí)現(xiàn)了計(jì)算。
　　 針對(duì)目前醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)中主要的統(tǒng)計(jì)分析方法，本研究側(cè)重進(jìn)行了以下幾部分工作：
　　 第一部分；測(cè)算基因頻率、基因型頻率以及驗(yàn)證Hardy-Weinberg平衡定律
　　 哈代-溫伯格平衡定律在遺傳學(xué)的研究中起著非常重要的作用。在對(duì)遺傳基因型數(shù)據(jù)進(jìn)行分析前，最好能夠先檢驗(yàn)數(shù)據(jù)是否符合哈代．溫伯格平衡定律。本章介紹了哈代-溫伯

3、格平衡定律的基礎(chǔ)理論，并利用軟件計(jì)算基因、基因型頻率、驗(yàn)證哈代-溫伯格平衡定律、利用蒙特卡洛模擬校正概率。
　　 第二部分：運(yùn)用病例對(duì)照方法尋找疾病的關(guān)聯(lián)位點(diǎn)
　　 病例-對(duì)照研究是分析流行病學(xué)研究方法中最基本、最重要的研究類型之一，是檢驗(yàn)病因假說(shuō)的重要工具。在遺傳流行病學(xué)中，利用病例．對(duì)照研究可以找到復(fù)雜疾病的關(guān)聯(lián)基因?？刹捎靡话銁2檢驗(yàn)與Armitage趨勢(shì)檢驗(yàn)。采用一般x2檢驗(yàn)來(lái)求得疾病與某個(gè)位點(diǎn)的相關(guān)性，要求檢驗(yàn)

4、的群體滿足哈代-溫伯格平衡定律。研究表明，如果哈代．溫伯格平衡定律不成立，x2檢驗(yàn)的第一類錯(cuò)誤會(huì)增加，因此應(yīng)根據(jù)基因型數(shù)據(jù)用Armitage趨勢(shì)檢驗(yàn)來(lái)作統(tǒng)計(jì)分析。
　　 第三部分：遺傳分析結(jié)果的校正
　　 在病例-對(duì)照遺傳流行病數(shù)據(jù)分析過(guò)程中，隨著生物技術(shù)的迅速發(fā)展，實(shí)驗(yàn)室快速檢測(cè)大量位點(diǎn)已經(jīng)成為常規(guī)手段。對(duì)于每一個(gè)位點(diǎn)都需要進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)檢驗(yàn)，如果位點(diǎn)過(guò)多，多重比較會(huì)導(dǎo)致假陽(yáng)性率無(wú)限增大，從而使得結(jié)論不可信，因此需要對(duì)多重

5、比較進(jìn)行校正，本章運(yùn)用3種平滑修正的方法，以及校正方法Bonferroni法、Sidak法等。
　　 第四部分：家系數(shù)據(jù)的關(guān)聯(lián)分析
　　 利用家庭成員作為對(duì)照是按祖先起源匹配的最好辦法，以遺傳背景一致的家庭成員作為對(duì)照，可以很好地解決人群分層問(wèn)題。根據(jù)家庭成員不同，分析方法也不盡相同。本章對(duì)家系病例對(duì)照數(shù)據(jù)進(jìn)行了TDT、s-TDT、SDT檢驗(yàn)。
　　 第五部分：連鎖不平衡與單體型分析
　　 連鎖不平衡分析

6、、單體型分析是一類對(duì)疾病相關(guān)聯(lián)基因進(jìn)行精確定位的高效的方法，在檢測(cè)復(fù)雜疾病基因時(shí)起到了巨大的作用。在數(shù)據(jù)收集方面，它不需要收集家系數(shù)據(jù)，這是與家系數(shù)據(jù)疾病關(guān)聯(lián)分析的一個(gè)區(qū)別——它的應(yīng)用條件比較寬泛。本章細(xì)致地研究了連鎖不平衡檢測(cè)方法、單體型與疾病關(guān)聯(lián)分析。
　　 第六部分：近交系數(shù)與親緣系數(shù)的計(jì)算
　　 近親婚配為非隨機(jī)婚配，這類婚配嚴(yán)重影響著群體中的基因平衡法則，導(dǎo)致群體中純合子和雜合子的比率發(fā)生變化。哈代．溫伯格法則

7、僅僅適用于隨機(jī)婚配的群體而不適用于這類群體。本章將對(duì)近親婚配中近交系數(shù)和親緣系數(shù)進(jìn)行計(jì)算。
　　 第七部分：連鎖分析
　　 個(gè)體形成性細(xì)胞過(guò)程中，減數(shù)分裂時(shí)同源染色體間發(fā)生交換的頻率稱為重組率。重組率的大小與同一條染色體上兩個(gè)基因座位距離有關(guān)，一般說(shuō)距離遠(yuǎn)時(shí)發(fā)生交換的機(jī)會(huì)多，重組率高，若重組率超過(guò)0.50，表明這兩個(gè)基因座位不在同一條染色體上。重組率比較低，說(shuō)明兩個(gè)基因座位位置比較近，這兩個(gè)基因座位上的等位基因傳遞到下一

8、代是不獨(dú)立的，這種現(xiàn)象在遺傳學(xué)中稱為連鎖。本章主要介紹貝葉斯方法和蒙特卡洛模擬法估計(jì)重組率。
　　 文中采用SAS9.1.3、SAS9.2分析軟件genetics模塊、stat模塊中多個(gè)過(guò)程步以及編程方法對(duì)醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)資料和數(shù)據(jù)進(jìn)行了統(tǒng)計(jì)運(yùn)算。本文運(yùn)用了統(tǒng)計(jì)模型理論與實(shí)例分析相結(jié)合，理論研究與軟件實(shí)現(xiàn)結(jié)合，數(shù)學(xué)方法與遺傳實(shí)驗(yàn)技術(shù)結(jié)合的總體思路，按著由簡(jiǎn)到繁的過(guò)程系統(tǒng)地介紹了各種遺傳統(tǒng)計(jì)分析方法，以及統(tǒng)計(jì)分析模型及計(jì)算原理，尤其對(duì)于