基于最大團求精的模體發(fā)現(xiàn)算法研究.pdf

1、轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點是與轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的DNA片斷，負責啟動基因的轉(zhuǎn)錄過程和控制基因的轉(zhuǎn)錄效率。由于轉(zhuǎn)錄調(diào)控是基因表達調(diào)控的關鍵環(huán)節(jié)，因此轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點的預測和識別對于生物調(diào)控網(wǎng)絡的研究具有重要意義。
　　本文在研究模體發(fā)現(xiàn)算法的基礎之上，發(fā)現(xiàn)了植入模體發(fā)現(xiàn)問題與最大團問題之間的相關性，將植入模體發(fā)現(xiàn)問題形式化為在無向圖中求解最大團的問題，并且提出了一種利用最大團解決植入模體發(fā)現(xiàn)問題的算法。基于縮小解空間規(guī)模和加速最大團收斂速度的目的

2、，本文提出了一種基于最大團求精的隨機投影植入模體發(fā)現(xiàn)算法。該算法通過隨機投影策略產(chǎn)生若干合格桶，并對所有的合格桶施加一個基于回溯法的最大團擴充求精過程，可以得到一組候選模體，最終將能夠使目標函數(shù)值最大的模體作為最優(yōu)解輸出。
　　本文解析并給出了隨機投影參數(shù)的選擇對基于最大團求精的隨機投影植入模體發(fā)現(xiàn)算法的影響。使用一致序列得分和相對熵兩種測度對候選模體進行篩選，并通過性能系數(shù)和互相關系數(shù)等評價測度對算法的最優(yōu)解質(zhì)量進行了評價。本文