蟻群算法在基因與疾病關(guān)聯(lián)性分析上的應(yīng)用與實(shí)驗(yàn)研究.pdf

1、研究基因與復(fù)雜疾病的關(guān)聯(lián)關(guān)系有助于診斷和治療常見(jiàn)的復(fù)雜疾病，單核苷酸多態(tài)性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)正是一種在人類基因組上識(shí)別復(fù)雜疾病易感位點(diǎn)的主要工具，然而由于SNP數(shù)據(jù)維度高但是樣本數(shù)量有限，使得復(fù)雜疾病易感位點(diǎn)的識(shí)別和檢測(cè)等研究工作進(jìn)展緩慢，目前仍然是一項(xiàng)富有挑戰(zhàn)性的工作。
　　本文致力于復(fù)雜疾病易感位點(diǎn)的檢測(cè)算法研究。本文提出一種新的關(guān)聯(lián)分析算法——基于聚類的蟻群SNP關(guān)聯(lián)分析

2、算法，以識(shí)別和檢測(cè)復(fù)雜疾病的易感位點(diǎn)。首先以SNP序列中成對(duì)SNP的連鎖不平衡為基礎(chǔ)，運(yùn)用近鄰傳播聚類算法將SNP位點(diǎn)聚類，再使用蟻群算法的最優(yōu)解搜索過(guò)程檢測(cè)出復(fù)雜疾病的易感位點(diǎn)。文章首先在模擬數(shù)據(jù)集上進(jìn)行實(shí)驗(yàn)，對(duì)該算法的有效性進(jìn)行驗(yàn)證，并將實(shí)驗(yàn)結(jié)果跟SNPRuler、蟻群算法、AntEpiSeeker等常用關(guān)聯(lián)分析算法進(jìn)行對(duì)比分析，表明本文提出的算法在SNP關(guān)聯(lián)分析上所具有的優(yōu)越性，最后在真實(shí)數(shù)據(jù)集AMD和肺癌數(shù)據(jù)上進(jìn)行實(shí)驗(yàn)，給出真實(shí)