模體相似度比較算法研究.pdf

1、轉(zhuǎn)錄因子(TF)蛋白質(zhì)通過序列特異性的形成和非特異性的分子相互作用,可以識(shí)別少量的DNA。熟悉了解轉(zhuǎn)錄因子DNA結(jié)合的參數(shù)選擇,不僅會(huì)有效洞察DNA的識(shí)別機(jī)制,同時(shí)允許更準(zhǔn)確地預(yù)測(cè)基因組調(diào)控元件,這些元件是理解細(xì)胞基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的一個(gè)主要障礙。對(duì)預(yù)測(cè)出來的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)模體進(jìn)行比較分析,是生物信息學(xué)的一個(gè)重要分支,是衡量轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)識(shí)別算法是否有效的一個(gè)重要途徑。本文提出了一種轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)模體相似度比較的方法,用于對(duì)模體數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)

2、行優(yōu)化。本文首先介紹了生物信息學(xué)及其研究?jī)?nèi)容,著重介紹了轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)模體相似度比較的研究現(xiàn)狀及發(fā)展方向。然后,對(duì)轉(zhuǎn)錄因子及其結(jié)合位點(diǎn)相關(guān)概念作了簡(jiǎn)要介紹,并對(duì)轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的表示模型進(jìn)行了深入分析。在深入研究國(guó)內(nèi)外各種模體相似度比較算法的基礎(chǔ)上,提出一種帶偽計(jì)數(shù)的基于位置頻率矩陣的模體相似度比較算法,通過實(shí)驗(yàn)分析得出該算法比現(xiàn)有的其他算法能更準(zhǔn)確的計(jì)算出兩個(gè)模體之間的相似度,并且依據(jù)相似度比較結(jié)果可以很好的將相關(guān)的模體聚類到一起,