二維凝膠電泳連配聚類統(tǒng)計算法.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、二維凝膠電泳技術(shù)能夠并行高通量地對上千個蛋白質(zhì)進行檢測和定量研究，在蛋白質(zhì)表達和表達后修飾的研究中起到了重要的作用。同時它產(chǎn)生的高通量的數(shù)據(jù)需要依賴于計算機算法的幫助。二維凝膠電泳圖像的軟件分析一般可分為以下三個步驟：蛋白質(zhì)電泳點的檢測，凝膠圖像之間點的連配，點的定量分析。目前商用的分析軟件包包括Melanie，PDQuest，z3，and Progenesis。 蛋白質(zhì)電泳點的檢測和凝膠圖像之間點的連配是影響軟件分析精度的關(guān)鍵

2、。雖然有越來越多的算法對其進行研究改進，但作者認(rèn)為特別是在凝膠圖像之間點的連配方面精度提高已經(jīng)出現(xiàn)了瓶頸。因為各種實驗及各膠之間存在不同程度的差異，連配算法的改進并不能適應(yīng)所有情況。 本文提出凝膠圖像之間點的連配聚類統(tǒng)計算法來改進連配的精度。主要的優(yōu)化思路是利用不同的凝膠圖像作為參考膠，進行多次軟件的自動連配，得到多個點鏈(即一條不同凝膠上代表同一蛋白質(zhì)組分的電泳點的連配信息)組成的集合。利用這多條點鏈之間的相互印證來修正錯誤。

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