CUDA平臺下的復(fù)雜疾病全基因組基因-基因相互作用研究.pdf

1、復(fù)雜疾病的全基因組基因-基因掃描可以有效發(fā)現(xiàn)多個(gè)基因的相互作用對疾病易感性的貢獻(xiàn)。但是這種掃描的計(jì)算量通常非常巨大，限制了它的實(shí)際應(yīng)用?，F(xiàn)代圖形處理器（GPU，顯卡）已具有非常強(qiáng)大的并行計(jì)算能力，同時(shí)價(jià)格低廉。因此，在這項(xiàng)研究中我們使用了基于GPU的算法，即SHEsisEpi。它僅與多個(gè)位點(diǎn)在全基因組中的易感性相關(guān)，而不受單個(gè)位點(diǎn)的關(guān)聯(lián)分析結(jié)果（即邊際函數(shù)）影響。
　　 我們分析了WTCCC數(shù)據(jù)庫提供的雙向情感障礙（bipola

2、r disorder，BPD）數(shù)據(jù)，僅耗時(shí)27小時(shí)就完成了全基因組一共500K個(gè)SNP的掃描，比傳統(tǒng)的CPU程序快將近300倍。
　　 然后，我們通過對掃描結(jié)果進(jìn)行篩選（p=5.37×10-12），對p值最小并且符合條件的SNP組合，用獨(dú)立的樣本進(jìn)行重復(fù)實(shí)驗(yàn)（475個(gè)BPD病例，480個(gè)對照組，漢族人群），證明兩對基因組合與BPD的易感性相關(guān)（a=0.05）?？蓤?zhí)行文件和源代碼可從SHEsis主頁進(jìn)行下載（http://anal