口腔疣狀癌、口腔鱗癌全基因組及miRNA表達譜研究.pdf

1、研究背景及目的:疣狀癌是一種具有特殊臨床特征、生物形態(tài)學及細胞動力學特征的惡性腫瘤，1948年Ackerman首次將它作為獨立的實體瘤從鱗狀細胞癌中劃分出來并予以命名，發(fā)生于口腔的疣狀癌稱口腔疣狀癌(oral verrucous carcinoma, OVC)。本課題組自1992年開始對OVC進行了系列研究，2004年采用BiostarH-40S型含有3900個基因的芯片進行了OVC基因表達的初步篩選并與口腔鱗癌(oral squamo

2、us cell carcinoma，OSCC)進行對比研究發(fā)現(xiàn)，OVC與自身對照正常粘膜(OVC-N)及OSCC間存在多個差異表達基因。但此前的研究芯片通量較低，為了進一步研究OVC的臨床生物學特征、以及生物學行為機理，本研究應(yīng)用全基因組寡核苷酸及miRNA芯片技術(shù)對OVC、OSCC及其相應(yīng)的癌旁(Paracancerous tissue of OVC，OVC-P、Paracancerous tissue of OSCC，OSCC-P)

3、及正?？谇火つ?normal mucosa tissue of OVC，OVC-N、normal mucosa tissue of OSCC，OSCC-N)進行了全基因組基因及miRNA表達譜構(gòu)建并進行生物信息學分析;為篩選出決定OVC主要生物學行為的基因及miRNA做前期準備，為建立具有自主知識產(chǎn)權(quán)的OVC診斷用基因芯片奠定良好基礎(chǔ)，并能更好的研究其與OSCC在發(fā)病機制方面的區(qū)別，以達到更好的指導(dǎo)臨床診斷和治療，提高OVC早期診斷率和

4、治愈好轉(zhuǎn)率的目的。
　　 方法:運用人類全基因組寡核苷酸芯片Human Genome U133 Plus2.0 Array以及miRNA微陣列芯片技術(shù)對5例OVC、6例OSCC及相應(yīng)患者的癌旁、正?？谇火つそM織進行全基因組表達譜及miRNA表達譜（miRNA芯片OVC補充至6例）研究，篩選出差異表達基因及差異表達miRNA。運用RT-PCR分別檢測5例OVC、OSCC及相關(guān)癌旁和正常黏膜組織中MMP1、SERPINE1、MAL、

5、DNASEl L3的表達，分析其間的表達差異，以驗證芯片的檢測結(jié)果。進一步運用生物信息學方法對差異基因進行二次篩選，初步探討差異基因及miRNA的功能，并運用IPA分析軟件對差異基因進行通路和基因網(wǎng)絡(luò)調(diào)控圖分析。
　　 結(jié)果:芯片雜交結(jié)果符合質(zhì)控要求，RT-PCR驗證結(jié)果與基因芯片結(jié)果基本一致。差異基因表達分析結(jié)果顯示:OVC與OVC-N差異表達已知基因109個，其中表達上調(diào)66個，下調(diào)43個;OVC與OVC-P差異表達已知基因

6、29個，其中表達上調(diào)18個，下調(diào)11個;OVC-P與OVC-N差異表達已知基因56個，其中表達上調(diào)26個，下調(diào)30個;OSCC與OSCC-N差異表達已知基因1172個，其中表達上調(diào)564個，下調(diào)608個;OSCC與OSCC-P差異表達已知基因949個，其中表達上調(diào)346個，下調(diào)603個;OSCC-P與OSCC-N差異表達已知基因220個，其中表達上調(diào)191個，下調(diào)29個。OSCC與OVC差異表達已知基因167個，其中表達上調(diào)108個，下

7、調(diào)59個。
　　 miRNA差異表達分析顯示:OVC與OVC-N差異表達miRNA2個，均表達下調(diào);OVC與OVC-P差異表達miRNA2個，均表達上調(diào); OVC-P與OVC-N差異表達miRNA8個，其中表達上調(diào)2個，下調(diào)6個;OSCC與OSCC-N差異表達miRNA33個，其中表達上調(diào)22個，下調(diào)11個;OSCC與OSCC-P差異表達miRNA23個，其中表達上調(diào)13個，下調(diào)10個;OSCC-P與OSCC-N差異表達miRN

8、A5個，其中表達上調(diào)1個，下調(diào)4個;OSCC與OVC差異表達miRNA34個，其中表達上調(diào)30個，下調(diào)4個。
　　 差異表達基因生物信息學分析表明:OVC和OSCC與各自相應(yīng)正常粘膜比較，共同表達改變的基因39個，其中表達上調(diào)22個，下調(diào)17個;39個共表達基因中，OVC和OSCC間有表達差異的基因8個。聚類分析表明同一組內(nèi)各樣本的表達譜之間具有高度的一致性。IPA軟件分析表明:OVC差異表達基因功能主要集中于遺傳性疾病、癌癥等