結腸癌外周血中差異表達基因的來源.pdf

1、目前已經(jīng)有很多研究基于全血基因表達譜尋找對人體侵襲性小的癌癥診斷mRNA標記物,用于癌癥的早期診斷。由于全血是由不同免疫細胞構成的異質性材料,尋找到的癌癥標記物很可能反映的是不同免疫細胞比例構成的改變。另外由于炎癥常常是癌癥鑒別中的一個混淆因素,而目前尚沒有研究進一步評估尋找到的全血癌癥診斷mRNA標記物能否區(qū)分癌癥和炎癥。我們以結腸癌和結節(jié)病為例,結合去卷積算法與T-test統(tǒng)計檢驗方法,對癌癥與炎癥全血中免疫細胞的比例分別相對于正常

2、全血的改變做了評估。結果發(fā)現(xiàn)相對于正常全血,癌、炎全血中髓系起源的細胞占全血細胞的比例均顯著升高,而淋巴系起源的細胞占全血細胞的比例均顯著下降。結腸癌全血相對于正常全血的差異表達基因與正常髓系起源的細胞相對于正常淋巴系起源的細胞的差異表達基因的方向一致性高達90％以上,提示癌癥全血相對于正常全血的表達改變可能歸功于髓系來源的細胞與淋巴系來源的細胞之間的表達差異。同樣的現(xiàn)象也發(fā)生在炎癥全血:結節(jié)病全血相對于正常全血的差異表達基因與正常髓系

3、起源的細胞和正常淋巴系起源的細胞之間差異表達基因的方向一致性高達99％以上。上述結果表明利用全血基因表達譜尋找的癌癥診斷mRNA標記物來源于外周血免疫細胞比例的改變,并且不能區(qū)分癌癥和炎癥。
　　通過進一步分析癌、炎病人外周血中的CD4+、CD8+T細胞相對于正常個體中的表達改變,發(fā)現(xiàn)在癌癥病人中干擾素介導的信號通路以及干擾素應答相關的節(jié)點受到差異表達下調(diào)基因的擾動,而在炎癥病人中這些功能受到差異表達上調(diào)基因的擾動。并且相對于正常

4、個體,ISGs(interferon simulated genes)在癌、炎病人外周血中的CD4+、CD8+T細胞中發(fā)生了相反的表達改變。以上結果提示利用外周血CD4+、CD8+T細胞基因表達譜數(shù)據(jù),可以找到區(qū)分癌癥和炎癥的特征。為了克服現(xiàn)有腫瘤診斷mRNA標記物對閾值的依賴,我們利用外周血CD4+T細胞中基因表達相對秩信息尋找能夠區(qū)分癌癥和正常以及癌癥和炎癥的基因對。最終我們篩選到7個基因對,這些基因對具有區(qū)分出癌癥與正常以及癌癥與