自噬基因IRGM與結(jié)核病的關(guān)聯(lián)分析及其機(jī)制探討.pdf

1、目的:探討自噬基因IRGM基因與結(jié)核病易感的關(guān)系及其相關(guān)機(jī)制。
　　方法:首先,在中國人群中進(jìn)行病例對照研究。采用SnaPshot SNP分型技術(shù)和Two-stages方法相結(jié)合,在960個(gè)樣本(483正常:477病例)對IRGM基因9個(gè)單核苷酸多態(tài)性(SNP)位點(diǎn)(rs13361189.rs73282255、rs4958846、rs10051924. rs7255865、rs9637876、rs72553867、rs100651

2、72、rs4958847)進(jìn)行檢測。采用SNPstats軟件和haploview軟件,計(jì)算各組等位基因頻率和基因型頻率、Hardy-Weinberg遺傳平衡檢驗(yàn)、分析兩組分布頻率的差異、計(jì)算優(yōu)勢比(OR)及95％可信區(qū)間(CI)以及IRGM基因多態(tài)性位點(diǎn)連鎖不平衡系數(shù)(D’值和r2值)和單倍體型頻率,分析目的基因與結(jié)核病的關(guān)聯(lián)程度。其次,針對篩選出的結(jié)核病相關(guān)高風(fēng)險(xiǎn)基因多態(tài)性位點(diǎn),采用體外報(bào)告基因的表達(dá),細(xì)胞轉(zhuǎn)染,細(xì)胞定位及wester

3、n-blot技術(shù)探討結(jié)核病易感位點(diǎn)的分子機(jī)理。
　　結(jié)果:(1)IRGM基因中rs13361189位點(diǎn)的基因和基因型頻率在對照組與結(jié)核病例組間存在差異(最佳遺傳模型為顯性效應(yīng),OR:1.52;95%CI:1.14-2.03; P=0.0038).單體型分析結(jié)果進(jìn)一步顯示rs13361189(C)/rs4958847(G)/rs72553867(C)單體型區(qū)段是結(jié)核病的易感區(qū)段(OR=12.76;95%CI=3.08-52.95;

4、P=5e-04)。
　　(2)對于rs72553867(A/C)位點(diǎn)的進(jìn)一步功能驗(yàn)證表明,IRGM(AA)基因型與IRGM(CC)基因型其編碼蛋白均可定位于線粒體和溶酶體上,但兩者在自噬方面存在著差異,IRGM-AA的自噬泡LC3陽性點(diǎn)數(shù)(3.5個(gè)/細(xì)胞)高于IRGM-CC(2個(gè)/細(xì)胞)(P=0.011),且其LC3II/GAPDH的比值大于IRGM-CC(P=0.044),可能是潛在的功能位點(diǎn)。
　　結(jié)論:自噬基因IRGM