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文檔簡(jiǎn)介
1、生物多樣性是人類生存與發(fā)展的基礎(chǔ),生物多樣性研究與保護(hù)已成為當(dāng)前世界性的熱點(diǎn)問題之一。遺傳多樣性既是適應(yīng)與進(jìn)化的源泉,也是現(xiàn)實(shí)的與潛在的重要自然資源。因此,探討遺傳多樣性具有重要的理論與實(shí)踐價(jià)值。本研究以內(nèi)蒙古高原、鄂爾多斯高原、阿拉善高原、黃土高原、青藏高原等地的8個(gè)短花針茅(Stipa breviflora)群體(每個(gè)群體30個(gè)樣本)為研究對(duì)象,通過轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、高通量測(cè)序數(shù)據(jù)分析,SNP位點(diǎn)識(shí)別、引物設(shè)計(jì)、PCR驗(yàn)證及體系優(yōu)化等開發(fā)
2、SNP標(biāo)記。隨后,利用所開發(fā)SNPs對(duì)8個(gè)短花針茅群體進(jìn)行了遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)分析。主要結(jié)果如下:
1.構(gòu)建了較完整的短花針茅轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)集。短花針茅8個(gè)樣本共產(chǎn)出60111.6112萬條平均長(zhǎng)度為150bp raw reads,共得到55156.9834萬條clean reads。高質(zhì)量堿基數(shù)為8273547.5100萬個(gè),約占總測(cè)序數(shù)據(jù)量的91.76%,平均GC含量為54.54%;得到平均長(zhǎng)度為1235bp的178901條
3、Unigenes,共有128777條Unigenes得到功能注釋結(jié)果;共識(shí)別出493411個(gè)SNP位點(diǎn),其中轉(zhuǎn)換為321887個(gè),顛換為171524個(gè),轉(zhuǎn)換約為顛換的2倍。
2.設(shè)計(jì)了26對(duì)SNP引物,確定了SNP-PCR反應(yīng)體系(25μL):30ng/μL模板DNA1μL,10μM上下游引物各0.5μL,PremixTaqTM12.5μL,ddH2O10.5μL。反應(yīng)程序?yàn)?94℃預(yù)變性3min,94℃變性30s,退火和延伸
4、,循環(huán)35次,最后72℃終延伸10min,4℃保存;經(jīng)過常規(guī)測(cè)序,最終篩選出7對(duì)短花針茅的SNP引物,包含可用于遺傳多樣性分析的位點(diǎn)56個(gè)。
3.短花針茅具有中等偏低水平的遺傳多樣性。在物種水平上,期望雜合度是0.1308,Nei氏遺傳距離為0.1306,遺傳變異主要發(fā)生在群體內(nèi)部(91.49%);在群體水平上,期望雜合度為0.122;短花針茅基因流為2.504,表明群體間具有較充分的基因交流。
4.短花針茅群體間遺
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