水稻GAGA Element的預測與分析.pdf

1、在植物和動物基因組中，轉錄因子通過識別特殊的序列，并通過與這些序列結合起到調控基因表達的作用。“GAGA Factor”是一類能識別、結合(GA)n二核苷酸重復序列，繼而改變染色質結構并起到調控下游基因表達的轉錄因子蛋白，我們將這類特殊(GA)n二核苷酸重復序列稱為“GAGA Element”。目前，在植物基因組研究中，僅有為數不多的有關 GAGA Factor蛋白功能的報道。隨著水稻全基因組測序計劃的完成，使得我們可以通過基因組掃查和

2、比較基因組學分析，開展植物GAGA Element的研究，揭示植物特殊功能基因進化的規(guī)律。全文主要結果如下：
　　1、通過對已有GAGA Element分布特征的分析研究，發(fā)現“(A)GAGA(G)/(T)CTCT(C)”序列廣泛出現在基因上游調控序列及基因內部序列，并且呈一定規(guī)律性進行組合，這為預測GAGA Element提供了理論依據。在此基礎上，對全基因組水平的水稻GAGA Element進行了全面預測，結果表明水稻基因組中

3、GAGA Element比果蠅的更加純凈，這預示了高等植物更加依賴于染色質水平上的基因調控機制來調節(jié)環(huán)境適應性。
　　2、通過 Gene Ontology功能注釋，在全基因組水平確定了表達水平受 GAGA Element調控的潛在水稻功能基因。進一步的功能分析表明，這些潛在的GAGA Element調控基因在功能分類上具有一定的保守性。這種功能上的保守性提示我們，此類GAGA Element調控基因在特定生物學過程中可能存在協(xié)同性

4、作用。
　　3、通過比較水稻基因組中GAGA Element分布水平在水稻12條不同染色體上的分布與相關基因 EST表達水平的關聯性關系分析，我們發(fā)現特定染色體區(qū)域的EST表達水平越高，GAGA Element在該區(qū)域出現的概率越低，表現了顯著的負相關性。這種GAGA Element分布概率與特定基因表達水平間的負相關性進一步表明，GAGA Element在水稻基因組中的染色體上的非隨機分布直接與特定基因表達水平的調控存在一種直接