基于DArT技術(shù)的大黃魚生長(zhǎng)相關(guān)分子標(biāo)記篩選.pdf

1、大黃魚(Larimichthys crocea，Largeyellow croaker)是我國(guó)主要的海產(chǎn)經(jīng)濟(jì)魚類。主要產(chǎn)于我國(guó)浙江、福建、廣東沿海。近二十年來，由于過度捕撈，野生大黃魚在我國(guó)頻臨絕跡。為了保護(hù)大黃魚魚種質(zhì)資源和滿足消費(fèi)者需求，大黃魚人工養(yǎng)殖活動(dòng)逐漸展開。因多年未加選育的累代養(yǎng)殖，養(yǎng)殖大黃魚生長(zhǎng)緩慢，性早熟、免疫力低下，等，因此急需對(duì)養(yǎng)殖大黃魚進(jìn)行遺傳改良。然而，大黃魚經(jīng)濟(jì)性狀，如生長(zhǎng)、性別決定、抗病力、和抗逆性等大多數(shù)表

2、現(xiàn)為數(shù)量性狀。傳統(tǒng)選育方法是依據(jù)表型進(jìn)行選擇，周期長(zhǎng)、效率低，因此需利用分子標(biāo)記技術(shù)從基因型層面，篩選與經(jīng)濟(jì)性狀相關(guān)分子標(biāo)記，輔助選育，以提高育種效率。其中生長(zhǎng)作為重要的經(jīng)濟(jì)性狀之一，可直接降低養(yǎng)殖成本和勞動(dòng)力投入，有助于經(jīng)濟(jì)效益的提高。本研究構(gòu)建了大黃魚基因組文庫，并采用分離群體分組分析法結(jié)合DArT技術(shù)篩選生長(zhǎng)相關(guān)的特異性標(biāo)記。主要研究結(jié)果如下：
　　以“東海1號(hào)”為實(shí)驗(yàn)材料，測(cè)量了199個(gè)個(gè)體的體長(zhǎng)，最大值為16.30cm、

3、最小值為11.50cm，均值為13.45cm，標(biāo)準(zhǔn)偏差1.3367，峰度為0.192，偏度為-0.210，Shapiro-Willie正態(tài)分布檢驗(yàn)p=0.257，符合正態(tài)分布（p>0.05）。建立關(guān)于體長(zhǎng)的正態(tài)分布圖，取體長(zhǎng)位于10％的高值個(gè)體記為“極端大群體”，10%低值個(gè)體記為“極端小群體”，用于與生長(zhǎng)相關(guān)DArT標(biāo)記的初步篩選。
　　使用7種基因組DNA復(fù)雜性降低方法（PstI/AluI、PstI/BanII、PstI/Bs

4、p1286I、PstI/BstNI、PstI/HaeIII、PstI/RsaI、PstI/TaqI），并分別構(gòu)建大黃魚基因組文庫。各文庫庫容分別為8×105，1×106、4×106、1.2×106、4×106、4×106、1.2×106，平均插入片段大小為886bp、691bp、820bp、607bp、623bp、765bp、721bp。因此，所構(gòu)建的文庫符合后續(xù)實(shí)驗(yàn)要求。
　　以7個(gè)文庫各840個(gè)克隆為模板制作探針，點(diǎn)制高密度芯

5、片。并對(duì)大黃魚基因組的7種基因組DNA復(fù)雜性降低方法進(jìn)行了多態(tài)性率的驗(yàn)證。結(jié)果由高到低依次為PstI/RsaI17.62%；PstI/TaqI16.67%；PstI/BstNI14.17%；PstI/BanII13.93%；PstI/HaeIII13.10%；PstI/Bsp1286I8.10%；PstI/AluI6.90%，驗(yàn)證數(shù)據(jù)表明PstI/RsaI降低大黃魚基因組復(fù)雜性的效果最好，其次為PstI/TaqI。
　　從PstI

6、/RsaI代表性片段文庫中隨機(jī)挑取3360個(gè)克隆，擴(kuò)增其插入片段作為探針，點(diǎn)制成篩選型芯片?！皹O端大群體”與“極端小群體”分別進(jìn)行雜交，對(duì)獲得的熒光值采用模糊C-均值聚類分析法(模糊度為1.5)及ANOVA獲得0或1標(biāo)記，根據(jù)二元矩陣進(jìn)行聚類分析，結(jié)果顯示聚類關(guān)系與分組一致。從矩陣中篩選獲得18個(gè)候選多態(tài)性片段，作為生長(zhǎng)相關(guān)候選DArT標(biāo)記。以上結(jié)果為后續(xù)進(jìn)一步驗(yàn)證生長(zhǎng)相關(guān)DArT標(biāo)記奠定基礎(chǔ)。
　　本實(shí)驗(yàn)為大黃魚的遺傳育種工作提