草魚生長相關(guān)SNPs的篩選和群體的遺傳結(jié)構(gòu)分析.pdf

1、草魚(Ctenopharyngodon idella),隸屬于鯉形目(Cypriniformes),鯉科(Cyprinidae),雅羅魚亞科(Leuciscus),草魚屬(Grass carp)。具有生長快,肉質(zhì)鮮美,養(yǎng)殖成本低等優(yōu)點(diǎn),是我國淡水漁業(yè)中最重要的養(yǎng)殖品種之一。但是,草魚目前還沒有遺傳改良品種。利用DNA遺傳標(biāo)記進(jìn)行輔助選育已成為動物育種過程中的重要方法。通過傳統(tǒng)選育與分子選育相結(jié)合的方法,選育開發(fā)草魚基礎(chǔ)種群,以此大大縮短

2、良種選育周期,促進(jìn)中國草魚養(yǎng)殖業(yè)的健康發(fā)展。本研究在草魚 EST-SNPs數(shù)據(jù)文庫中選取醛縮酶 B和羧肽酶 A1基因序列片段上預(yù)計存在的SNP位點(diǎn)進(jìn)行驗(yàn)證并分析,將所獲得的SNP位點(diǎn)的不同基因型與草魚的生長性狀進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析。同時將在 EST庫中篩到的其他7個 SNP位點(diǎn)用于對我國的六個草魚群體(湖南寧鄉(xiāng)群體、湖南沅江群體、湖北監(jiān)利群體、湖北石首群體、廣東南莊群體和湖北洪湖群體)的遺傳結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析。具體研究內(nèi)容如下:
　　1.醛縮酶

3、B基因和羧肽酶A1基因的SNP多態(tài)性及其與生長性狀的關(guān)聯(lián)分析
　　根據(jù)草魚EST庫的醛縮酶B基因和羧肽酶A1基因重疊群的Contig設(shè)計引物擴(kuò)增這兩個基因的序列片段,采用直接測序法和序列比對,在醛縮酶B基因上共篩到3個顛換SNP位點(diǎn):C+687G,C+1042A,A117C。在羧肽酶A1基因上共篩到2個顛換SNP位點(diǎn):C+412A和A36C。采用SnaPshot的方法分別對同一群體的296尾草魚的這5個位點(diǎn)進(jìn)行檢測和分型,統(tǒng)計基因

4、型頻率。利用一般線性模型分析5個SNPs位點(diǎn)與草魚體質(zhì)量、體長等重要生長性狀的關(guān)系。
　　關(guān)聯(lián)分析結(jié)果顯示:在醛縮酶B基因上,A117C和C+1042A兩個位點(diǎn)都和體質(zhì)量等重要生長性狀顯著相關(guān)(P<0.05),C+687G位點(diǎn)不同基因型和體質(zhì)量等重要生長性狀不相關(guān)。將3個SNPs位點(diǎn)不同基因型兩兩位點(diǎn)組成3個組合的雙倍型:C+687G和A117C以及C+687G和C+1042A的2個組合分別組成的7種雙倍型在體質(zhì)量等5個生長性狀上

5、都存在顯著差異(P<0.05);A117C和C+1042A組成的3種雙倍型在體質(zhì)量、眼間距這2個生長性狀上都存在顯著差異(P<0.05)。在羧肽酶A1基因上,A36C位點(diǎn)的不同基因型和體質(zhì)量、眼間距等生長性狀顯著相關(guān)(P<0.05)。C+412A位點(diǎn)在體質(zhì)量等生長性狀上差異不顯著(P>0.05),該位點(diǎn)和生長不相關(guān)。兩個位點(diǎn)共組成了D3、D5、D6、D7和D8五種雙倍型。其中,D3和D5在質(zhì)量上存在顯著差異(P<0.05);雙倍型D3和

6、D8在體質(zhì)量、體寬、體長和體長/頭長等生長性狀上都存在顯著差異(P<0.05)。
　　2、利用7個SNP位點(diǎn)對不同群體的遺傳結(jié)構(gòu)分析
　　通過草魚的EST-SNP數(shù)據(jù)庫設(shè)計引物擴(kuò)增醛縮酶B、胰彈性蛋白酶和胰凝乳蛋白酶3個預(yù)計存在的SNP位點(diǎn)基因部分序列,采用直接測序和序列比對共獲得7個SNP位點(diǎn),分別命名為:A2259G、C+468T、A+567T、A60G、G+641C、T+507G和C+513T。采用SnaPshot的方

7、法對這7個位點(diǎn)在292尾養(yǎng)殖草魚中進(jìn)行分型,統(tǒng)計基因型和頻率。并用所檢測到的這7個SNP位點(diǎn)對我國的六個草魚群體(湖南寧鄉(xiāng)群體、湖南沅江群體、湖北監(jiān)利群體、湖北石首群體、廣東南莊群體和湖北洪湖群體)的遺傳結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析。
　　結(jié)果顯示:六個草魚群體的平均多態(tài)信息含量(PIC)的范圍在0.2046~0.3120之間,平均觀測雜合度為(Ho)0.2743~0.3207,平均期望雜合度為(He)1.5332~1.6835,表明草魚群體的遺