中國南部兩種同域分布的鯉科魚類比較親緣地理研究.pdf

1、本論文采用線粒體分子標(biāo)記（控制區(qū)和Cyt b基因）和核基因組分子標(biāo)記（微衛(wèi)星），分析了8個東方墨頭魚種群和12個紋唇魚種群的親緣地理關(guān)系及種群遺傳結(jié)構(gòu)。
　　主要結(jié)果如下：
　　1.基于線粒體分子標(biāo)記的東方墨頭魚與紋唇魚比較親緣地理研究
　　通過分析東方墨頭魚和紋唇魚線粒體控制區(qū)部分序列和Cytb基因全序列，研究兩物種的種群遺傳變異及親緣地理格局。東方墨頭魚共分析7個河系8個種群共157個個體的線粒體序列1,887bp

2、，包括控制區(qū)5’端部分片段750bp和完整的Cyt b片段1,137bp；紋唇魚共分析10個河系12個種群共236個個體的線粒體序列1,888bp，包括控制區(qū)5’端部分片段751bp和完整的Cyt b片段1,137bp。結(jié)果為：
　?。?）遺傳多樣性方面，在東方墨頭魚所分析的1887bp序列中，有110個變異位點(diǎn)（5.82％），包括60個簡約信息位點(diǎn)（3.17%）和50個單變異位點(diǎn)（2.64%），110個變異位點(diǎn)共定義了88個單倍

3、型，各種群單倍型多樣性及核苷酸多樣性分別為0.801-1.000（平均0.981）、0.00075-0.00468（平均0.00744）；在紋唇魚所分析的1888bp序列中，有59個變異位點(diǎn)（3.12%），包括39個簡約信息位點(diǎn)（2.06%）和20個單變異位點(diǎn)（1.05%），59個變異位點(diǎn)共定義了44個單倍型，各種群間單倍型多樣性及核苷酸多樣性分別為0.000-0.918（平均0.833）、0.000-0.00191（平均0.00233

4、）。
　?。?）親緣地理關(guān)系上，東方墨頭魚個體NJ樹分為3支，海南島的昌化江種群單獨(dú)聚為一支，紋唇魚個體NJ樹分為4支，昌化江種群的部分個體單獨(dú)聚為一支，均顯示出昌化江種群與其他種群親緣關(guān)系較遠(yuǎn)。
　?。?）種群分化及遺傳結(jié)構(gòu)方面，東方墨頭魚和紋唇魚的遺傳分化指數(shù)分別為0.649和0.428，均屬于高度分化。AMOVA分析和SAMOVA分析顯示兩物種均具有顯著的遺傳結(jié)構(gòu)，瓊州海峽和五指山是東方墨頭魚的地理屏障，而紋唇魚的地理

5、屏障是云開大山。
　?。?）種群歷史動態(tài)上，中性檢測與錯配分析兩種檢測方法均顯示兩物種都經(jīng)歷過種群擴(kuò)張，繪制貝氏天際線點(diǎn)圖估算種群擴(kuò)張時間，顯示東方墨頭魚和紋唇魚發(fā)生種群擴(kuò)張的時間大約在1.8萬年前和1.1萬年前。
　　2.東方墨頭魚和紋唇魚微衛(wèi)星引物的篩選及種群遺傳結(jié)構(gòu)研究
　?。?）用生物素-磁珠富集法篩選兩物種的微衛(wèi)星分子標(biāo)記。東方墨頭魚篩選出14對引物，用海南萬泉河瓊海（QH）種群23個個體進(jìn)行多態(tài)性檢測；紋唇

6、魚篩選出13對引物，同樣用QH種群20個個體進(jìn)行多態(tài)性檢測。結(jié)果顯示：東方墨頭魚，等位基因數(shù)目（NA）、多態(tài)信息含量（PIC）、觀測和期望雜合度（HO和HE）分別為8-25、0.6788-0.9342、0.5652-1.0000和0.7179-0.9585，有4個位點(diǎn)顯著偏離哈溫平衡（HWE），經(jīng)Bonferroni校正后各位點(diǎn)間未發(fā)現(xiàn)連鎖不平衡；紋唇魚，NA、PIC、HO和HE分別為10-21、0.8020-0.9354、0.7500

7、-1.0000和0.8436-0.9628，偏離哈-溫平衡及連鎖不平衡現(xiàn)象均無發(fā)現(xiàn)。
　　（2）各用13對引物對兩物種種群進(jìn)行遺傳多樣性及遺傳結(jié)構(gòu)分析，結(jié)果顯示：
　?、龠z傳多樣性方面，東方墨頭魚，種群中平均等位基因數(shù)為11.923，平均等位基因豐度為10.001，所有種群的期望及觀測雜合度分別是0.8581和0.8477；紋唇魚，種群中平均等位基因數(shù)和平均等位基因豐度分別為12.090和14.385，所有種群的期望及觀測雜