豬TAP1基因多態(tài)性及其與斷奶仔豬免疫指標(biāo)的相關(guān)性分析.pdf

1、本研究以安徽地方優(yōu)良豬種（皖南黑豬、圩豬、霍壽黑豬、安慶六白豬）和外來(lái)品種大白豬為材料，研究抗 F18大腸桿菌的候選基因之一，TAP1基因的單鏈核苷酸多態(tài)性（single nucleotide polymerphisms，SNPs）及其與斷奶仔豬部分免疫指標(biāo)的相關(guān)性。根據(jù)GenBank豬TAP1（登錄號(hào)BX323833）序列設(shè)計(jì)引物，采用PCR-SSCP技術(shù)檢測(cè) TAP1全部基因編碼區(qū)11個(gè)外顯子區(qū)域的遺傳變異，篩查 SNPs位點(diǎn)分析其

2、多態(tài)性，并運(yùn)用SPSS程序中的GLM模型分析所檢測(cè)到的遺傳變異與部分血清免疫指標(biāo)的關(guān)聯(lián)性。旨在尋找地方豬種中可以作為抗 F18大腸桿菌或者一般抗病性的有效遺傳標(biāo)記，為安徽省地方豬種質(zhì)資源特性及MAS研究提供分子生物學(xué)參考。經(jīng)研究發(fā)現(xiàn)：
　　（1）TAP1基因的84bp在霍壽黑豬群體中檢測(cè)到 T→C突變，其他四個(gè)群體在該位點(diǎn)沒(méi)有檢測(cè)到突變；該基因的443bp在試驗(yàn)的5個(gè)群體中均檢測(cè)到G→A突變；該基因的6297、6298bp在圩豬、

3、皖南黑豬和霍壽黑豬群體中檢測(cè)到 G→C、G→T突變，安慶六白豬和大白豬種沒(méi)有檢測(cè)到；該基因的7570bp在5個(gè)群體中均檢測(cè)到G→A突變。
　?。?）TAP1基因84bp處突變?yōu)殄e(cuò)義突變，使編碼的氨基酸由色氨酸變成了精氨酸，在霍壽黑豬中檢測(cè)到三種基因型（AA、AB和 BB），其中 AA（野生型）基因型頻率為67.32％，AB基因型頻率24.84%，BB（突變性）基因型頻率為7.84%。霍壽黑豬的多態(tài)信息含量（PIC）為0.2709，

4、在該位點(diǎn)處于中度多態(tài)，在其他四個(gè)群體中均沒(méi)有檢測(cè)到該突變位點(diǎn)，均為野生型。TAP1基因443bp處突變?yōu)闊o(wú)義突變，沒(méi)有引起氨基酸的改變，在圩豬、皖南黑豬、安慶六白豬、霍壽黑豬和大白豬群體中均檢測(cè)到了三種基因型（CC、CD、DD），其中 CC（野生型）基因型頻率在這5個(gè)群體中分別為9.21%、12.63%、17.24%、62.09%、10.92%，CD基因型頻率分別為31.58%、25.26%、31.03%、29.41%、29.31%，D

5、D基因型頻率分別為59.21%、62.11%、51.72%、8.5%、25.57%。上述5個(gè)群體的多態(tài)信息含量（PIC）分別為0.3047、0.3063、0.3435、0.2929、0.3082，在該位點(diǎn)均處于中度多態(tài)。TAP1基因6297bp和6298bp處突變?yōu)檫B鎖突變，前者使編碼的氨基酸由谷氨酰胺變成了組氨酸，后者由纈氨酸變成了亮氨酸。在圩豬、皖南黑豬、霍壽黑豬群體中均檢測(cè)到兩種基因型（EE和 EF），其中 EE基因型頻率在這3個(gè)

6、群體中分別為79.18%、66.67%、92.16%，EF基因型頻率分別為20.83%、33.33%、7.8%。圩豬、皖南黑豬、霍壽黑豬的多態(tài)信息含量（PIC）分別為0.1706、0.2409、0.0725，在該位點(diǎn)均處于低度多態(tài)。在安慶六白豬和大白豬群體中沒(méi)有檢測(cè)到該突變位點(diǎn)，均為野生型。TAP1基因7570bp處突變?yōu)闊o(wú)義突變，沒(méi)有引起氨基酸的改變。在圩豬、皖南黑豬、安慶六白豬、霍壽黑豬和大白豬群體中均檢測(cè)到了三種基因型（GG、GH

7、、HH），其中其中GG（野生型）基因型頻率在這5個(gè)群體中分別為17.97%、7.80%、7.97%、11.76%、6.45%，GH基因型頻率分別為40.76%、32.62%、12.50%、33.33%、23.82%，HH基因型頻率分別為41.27%、59.53%、79.53%、54.90%、69.73%。上述5個(gè)群體的多態(tài)信息含量（PIC）分別為0.3611、0.2991、0.2142、0.3242、0.2535，其中安慶六白豬在該點(diǎn)位

8、處于低度多態(tài)，其他均處于中度多態(tài)。
　　（3）χ2檢驗(yàn)表明：T84C位點(diǎn)在霍壽黑豬中顯著偏離 Hardy-Weinberg平衡狀態(tài)（P?0.05），G443A位點(diǎn)在皖南黑豬和大白豬種中顯著偏離 Hardy-Weinberg平衡（P<0.01），G7570A位點(diǎn)在安慶六白豬中顯著偏離 Hardy-Weinberg平衡（P<0.01），其余各位點(diǎn)在檢測(cè)到的群體中均處于 Hardy-Weinberg平衡狀態(tài)（P>0.05）。
　　

9、（4）品種間各免疫指標(biāo)差異分析：IL-6在安慶六白豬的含量顯著高于大白豬（P<0.01）；IL-12在圩豬的含量顯著低于安慶六白豬和大白豬（P<0.05）；IFNγ在圩豬中的含量顯著高于安慶六白豬和大白豬（P<0.01），在大白豬中的含量顯著高于安慶六白豬（P<0.01）；TNFα在大白豬中的含量顯著低于安慶六白豬和圩豬（P<0.01）。
　?。?）G443A位點(diǎn)各品種內(nèi)免疫指標(biāo)相關(guān)性分析：圩豬中，GG基因型個(gè)體IL-6 IFNγ

10、和TNFα含量顯著高于GA基因型（P<0.05）；大白豬種AA基因型個(gè)體IL-10含量顯著高于GA基因型（P<0.05）。
　?。?）G7570A位點(diǎn)各品種內(nèi)免疫指標(biāo)相關(guān)性分析：在安慶六白豬中，AA基因型個(gè)體 IL-10含量顯著高于 GA基因型（P<0.05）；大白豬中 GA和 AA基因型個(gè)體IFNγ含量顯著高于GG基因型（P<0.05）。
　　研究結(jié)果提示：TAP1基因G443A位點(diǎn)、G7570A位點(diǎn)有可能作為有效靶位點(diǎn)應(yīng)