HLa-DQ、GSPT及KIF1B基因多態(tài)性與HBV感染不同結(jié)局及拉米夫定治療預后的關(guān)聯(lián)研究.pdf

1、HBV感染已成為重要的全球性公共衛(wèi)生問題，預計全球1/3的人口感染過HBV。感染HBV后機體會出現(xiàn)不同的疾病轉(zhuǎn)歸，大部分可自愈，其中約5％發(fā)展為慢性感染，如慢性乙型肝炎（chronichepatitisB，CHB），肝硬化(livercirrhosis，LC)及原發(fā)性肝細胞癌(hepatocellularcarcinoma，HCC)。HBV感染的致病機理較復雜，遺傳因素在HBV致病過程中起到了重要的作用，而廣泛存在于基因中的基因多態(tài)性，

2、即單核昔酸多態(tài)性（singlenucleotidepolymorphism，SNP）可導致機體對各種慢性損傷的反應具有明顯的個體差異，影響疾病的易感和不同的疾病轉(zhuǎn)歸。
　　 HLA復合體是首次發(fā)現(xiàn)的與疾病有明確關(guān)系的遺傳系統(tǒng)，2011年7月，一項來自日本的全基因組關(guān)聯(lián)研究(genome-wideassociationstudy，GWAS)發(fā)現(xiàn)，HLA-DQ基因的SNP位點rs2856718與CHB有關(guān)，尚未見在中國人群中的相關(guān)報

3、道，故將此位點納入本研究;VinodKumar等，報道了一項GWAS研究結(jié)果，HLA-DQ基因的SNP位點rs9275572與丙型肝炎病毒相關(guān)性肝癌有關(guān)，該位點是否與HBV.感染同樣具有相關(guān)性，在中國人群中是否存在這種關(guān)聯(lián)，是否與抗病毒藥物治療預后相關(guān)，尚未見相關(guān)報道，故將此位點納入本研究。
　　 2010年8月，HongxingZhang等報道了一項中國人群的GWAS研究結(jié)果，位于人類染色體1p36.22的KIF1B基因的rs

4、17401966位點與HBV相關(guān)肝癌有關(guān)，該位點是否在HBV感染不同結(jié)局及藥物治療預后中同樣存在相關(guān)性，故將該位點納入本次研究。
　　 此外，本室的前期研究發(fā)現(xiàn)了與HBV感染結(jié)局相關(guān)的差異蛋白-真核肽鏈釋放因子GTP結(jié)合亞單位(eRF3b)，它是由GSPT2基因編碼，它與eRF3a（由GSPT1編碼，與eRF3b高度相似，87％的氨基酸序列相同）共同參與中止真核生物蛋白合成的過程。前期，我們進行了關(guān)于這兩種蛋白與HBV感染的功能

5、學研究，本研究將探討GSPT1和GSPT2基因的兩個SNP位點（rs33635和rs974285）與HBV感染及治療預后的相關(guān)性。
　　 第一部分，HLA-DQ、GSPT及KIF1B基因多態(tài)性與HBV感染不同結(jié)局的關(guān)聯(lián)研究
　　 目的:
　　 探討HLA-DQ（rs28567185和rs9275572）、GSPT(rs33635和rs974285)及KIF1B(rs17401966)五個SNP位點與HBV易感性、

6、HBV自然清除及HBV相關(guān)疾病進展的關(guān)聯(lián)。
　　 方法:
　　 選擇符合條件的研究對象1649例，根據(jù)研究目的，分成不同亞組，分別研究5個SNP位點與HBV易感性（HBV感染組和健康組）、HBV自然清除（HBV感染組和HBV自然清除組）、LC進展（LC組和CHB組）、HCC進展（HCC組和LC+CHB組）的關(guān)聯(lián)。以問卷形式收集研究對象的一般情況，并收集外周血，提取DNA，用基質(zhì)輔助激光解吸電離飛行時間質(zhì)譜(MatrixA

7、ssistedLaserDesorption/ionizationTimeofFlightMassSpectrometry，MALDI-TOFMS)實驗平臺進行DNA的SNPs分型。先進行單因素分析，再用非條件Logistic回歸分析校正混雜因素，分析SNP位點與HBV易感性及其感染結(jié)局的關(guān)聯(lián)，并用多因子降維法分析基因-基因及基因-環(huán)境的交互作用，由SPSS16.0統(tǒng)計軟件、MDR2.0及MDRPTV0.4.6完成數(shù)據(jù)分析。
　　

8、 結(jié)果:
　　 1、HA-DQ多態(tài)性位點rs2856718與HBV感染及其結(jié)局的關(guān)系
　　 在共顯性模型下，攜帶rs2856718AG和rs2856718GG基因型的個體感染HBV的風險降低，OR值分別為0.738和0.459（95％CI=0.571-0.954，P=0.020;95％CI=0.331-0.636，P＜0.001）;在顯性模型（GG+AGvsAA）和隱性模型（GGvsAA+AG）下，OR值分別為0.64

9、1和0.541(95％CI=0.505-0.814,P＜0.001;95％CI=0.403-0.725,P＜0.001);吸煙和飲酒均為HBV感染的獨立危險因素（OR=1.688，P=0.006;OR=1.507，P=0.001）;rs2856718與HBV自然清除相關(guān)，在共顯性模型下，rs2856718與HBV自然清除有關(guān)聯(lián)，攜帶rs2856718AG和rs2856718GG基因型的個體HBV自然清除能力強（AGvsAA，OR=0.6

10、42，95％CI=0.479-0.773，P=0.003;GGvsAA，OR=0.528，95％CI=0.361-0.773，P=0.001）;在顯性模型下，rs2856718GG+AG基因型攜帶者HBV自然清除能力更強，發(fā)展為HBV慢性感染的可能性為rs2856718AA基因型攜帶者的0.610倍(95％CI=0.463-0.805，P＜0.001);在隱性模型下，rs2856718GG基因型攜帶者HBV自然清除能力強，發(fā)展為HBV慢

11、性感染的可能性為rs2856718AA+AG基因型攜帶者的0.688倍(95％CI=0.492-0.962，P=0.029);吸煙為HBV感染的獨立危險因素(OR=1.512，95％CI=1.009-2.264,P=0.045)。
　　 2、HLA-DQ多態(tài)性位點rs9275572與HBV感染及其結(jié)局的關(guān)系
　　 rs9275572與HBV易感性有關(guān)聯(lián)。在共顯性模型下，攜帶rs9275572AG或rs9275572AA基

12、因型的個體感染HBV的風險降低，OR值分別為0.706和0.374(95％CI=0.553-0.903,P=0.006;95％CI=0.244-0.573,P＜0.001);在顯性模型(AA+AGvsGG)下和隱性模型(AAvsGG+AG)下，OR值分別為0.627和0.429（95％CI=0.498-0.790，P＜0.001;95％CI=0.283-0.650，P＜0.001），吸煙和飲酒均為HBV感染的獨立危險因素（OR=1.63

13、5，P=0.002;OR=1.582，P=0.002）。rs9275572與HBV的自然清除相關(guān)，在共顯性模型下，攜帶rs9275572AG基因型的個體HBV自然清除率更高，發(fā)展為HBV慢性感染的可能性為rs9275572GG基因型攜帶者的0.719倍（95％CI=0.544-0.949，P=0.020）;在顯性模型下，攜帶rs9275572AA+AG基因型的個體HBV自然清除率更高，發(fā)展為HBV慢性感染的可能性為rs9275572GG

14、基因型攜帶者的為0.714（95％CI=0.547-0.932，P=0.013）;吸煙是HBV自然清除的獨立危險因素(OR=1.527,95％CI=1.022-2.282,P=0.039)。
　　 3、GSPT多態(tài)性位點rs33635和rs974285與HBV感染及其結(jié)局的關(guān)系
　　 本研究尚未發(fā)現(xiàn)rs33635和rs974285兩個SNP位點與HBV易感性、HBV自然清除及LC進展和HCC進展的相關(guān)性。
　　

15、4、KIF1B多態(tài)性位點rs17401966與HBV感染及其結(jié)局的關(guān)系
　　 本研究發(fā)現(xiàn)rs17401966基因多態(tài)性與HBV自然清除有關(guān)聯(lián)，攜帶rs17401966GG基因型的個體HBV自然清除的可能性更高，發(fā)展為HBV慢性感染的可能性為rs17401966AA基因型攜帶者的0.568倍(95％CI=0.361-0.894，P=0.015);rs17401966基因多態(tài)性與HBV易感性、LC進展及HCC進展無關(guān)聯(lián)。
　　

16、 5、基因-基因交互作用
　　 經(jīng)MDR分析，在HBV易感性研究中，最佳因子模型為HLA-DQ位點(rs2856718、rs9275572)、GSPT1位點(rs33635)和KIF1B位點(rs174019664)之間的交互作用(P=0.0010)，高危組合易感風險為低危組合的2.643倍(95％CI=1.458-3.487)。在HBV自然清除研究中，最佳因子模型為HLA-DQ位點(rs2856718、rs9275572)、

17、GSPT1位點(rs33635)和KIF1B位點(rs174019664)之間的交互作用（P=0.023），與HBV自然清除的關(guān)聯(lián)強度為2.024(95％CI=1.156-3.958)。在LC進展和HCC進展研究中均未發(fā)現(xiàn)基因-基因間的交互作用。
　　 6、基因-環(huán)境交互作用
　　 經(jīng)MDR分析，在HBV易感性研究中，準確性和交叉檢驗一致性最高的因子模型為HLA-DQ位點(rs9275572)、吸煙和飲酒的交互作用（P=

18、0.0010），高危組合易感風險為低危組合的3.014倍(95％CI=1.647-4.963)。在HBV自然清除研究中，最佳因子模型為HLA-DQ位點(rs2856718)和飲酒的交互作用模型（P=0.0010），與HBV自然清除的關(guān)聯(lián)強度為1.923(95％CI=1.185-4.032)。在LC進展研究中，未發(fā)現(xiàn)有統(tǒng)計學意義的基因-環(huán)境交互作用模型。在HCC進展研究中，最佳因子模型為HLA-DQ位點(rs2856718)、GSPT1位

19、點(rs33635)、KIF1B位點(rs17401966)和吸煙間的交互作用（P=0.0110），高危組合易感風險為低危組合的1.847倍(95％CI=1.265-3.468)。
　　 結(jié)論:
　　 1、在中國北方漢族人群中，HLA-DQ的兩個SNP位點(rs9275572和rs2856718)與HBV的易感性，HBV自然清除及HBV感染后的相關(guān)疾病進展有關(guān)。rs9275572A和rs2856718G為HBV感染的保護

20、性因素，在HBV自然清除、LC進展和HCC的進展中起到保護作用。
　　 2、KIF1Brs17401966基因多態(tài)性與HBV自然清除有關(guān)聯(lián)，攜帶rs17401966GG基因型的個體HBV自然清除的可能性更高，與HBV易感性、LC進展及HCC進展無關(guān)聯(lián)。
　　 3、本研究未發(fā)現(xiàn)GAPT1rs33635和GAPT2rs974285兩個SNP位點與HBV易感性、HBV自然清除及LC和HCC進展的相關(guān)性。
　　 4、吸煙

21、和飲酒均為HBV感染、HBV自然清除的獨立危險因素;年齡越大，越容易由CHB進展到LC和HCC;男性、高齡及飲酒為HCC進展的獨立危險因素;在HBV易感性、HBV自然清除及HBV感染不同結(jié)局中，存在基因-基因和基因-環(huán)境的交互作用。
　　 第二部分，HLA-DQ、GSPT及KIFIB基因多態(tài)性與拉米夫定治療預后的關(guān)聯(lián)研究
　　 目的:
　　 本研究擬探討HLA-DQ（rs28567185和rs9275572）、G

22、SPT（rs33635和rs974285）及KIF1B(rs17401966)五個候選基因與LAM治療后不同結(jié)局的相關(guān)性。
　　 方法:
　　 選擇符合條件的研究對象354例，以問卷形式收集研究對象的一般情況，并收集外周血，提取DNA，用基質(zhì)輔助激光解吸電離飛行時間質(zhì)譜(MatrixAssistedLaserDesorption/ionizationTimeofFlightMassSpectrometry，MALDI-T

23、OFMS)實驗平臺進行DNA的SNPs分型。經(jīng)LAM治療6個月后，根據(jù)病毒學應答(·DNA載量＜3logcopies/ml或下降＞2logcopies/ml)與否分為兩組（DNA應答組與DNA非應答組），根據(jù)生化學應答（治療后ALT在正常參考值范圍）分為ALT應答組和ALT非應答組。先進行單因素分析，再用非條件Logistic回歸分析校正混雜因素，分析SNP位點與HBV易感性及其感染結(jié)局的關(guān)聯(lián)，并用多因子降維法進行基因-基因和基因-環(huán)境

24、之間的交互作用分析，由SPSS16.0統(tǒng)計軟件、MDR2.0及MDRPTV0.4.6完成數(shù)據(jù)分析。
　　 結(jié)果:
　　 1、HA-DQ多態(tài)性位點rs2856718與DNA應答及ALT應答的關(guān)系
　　 rs2856718與DNA應答無關(guān)聯(lián)，但與ALT應答具有相關(guān)性，rs2856718A等位基因更容易出ALT應答，在共顯性模型下(GGvsAA)，OR值為2.458（95％CI=1.277-4.730，P=0.007）

25、;在顯性模型(GG+AGvsAA)和隱性模型(GGvsAA+AG)下，OR值分別為1.691(95％CI=1.093-2.615，P=0.018)和2.040（95％CI=1.104-3.772，P=0.020）;性別是ALT應答的獨立影響因素，男性ALT應答率低于女性，年齡、吸煙及飲酒與ALT應答無關(guān)聯(lián)。
　　 2、HLA-DQ多態(tài)性位點rs9275572與DNA應答及ALT應答的關(guān)系
　　 rs9275572與DNA

26、應答相關(guān)，rs9275572G等位基因更容易出DNA應答，共顯性模型(AGvsGG∶OR=2.062，95％CI=1.153-3.687，P=0.015;AAvsGG∶OR=5.553，95％CI=1.827-16.877，P=0.003)、在顯性模型下(AA+AGvsGG∶OR=2.599，95％CI=1.525-4.428，P＜0.001)和隱性模型下(AAvsGG+AG∶OR=4.684，95％CI=1.552-14.133，P=

27、0.006)均具有相關(guān)性;男性患者拉米夫定治療后DNA應答的可能性較女性低。
　　 rs9275572基因多態(tài)性與ALT應答具有相關(guān)性，rs9275572G等位基因更容易出ALT應答，在共顯性模型下(AGvsGG∶OR=2.037，95％CI=1.231-3.369,P=0.006;AAvsGG∶OR=3.245,95％CI=1.415-7.440,P=0.005)、在顯性模型下(AA+AGvsGG∶OR=2.279，95％CI

28、=1.442-3.602，P＜0.001)和隱性模型下(AAvsGG+AG∶OR=2.678，95％CI=1.182-6.068，P=0.018)均存在此關(guān)聯(lián);性別與ALT應答相關(guān)，男性LAM治療后的ALT應答的可能性低于女性（OR=0.509，95％CI=0.297-0.872，P=0.014），年齡、吸煙和飲酒與ALT應答均無相關(guān)性。
　　 3、GSPT1多態(tài)性位點rs33635與DNA應答及ALT應答的關(guān)系
　　

29、rs33635C等位基因攜帶者更易發(fā)生DNA應答，在共顯性模型下(CCvsTT)，rs33635CC基因型攜帶者DNA應答的可能性為rs33635TT基因型攜帶者的2.449倍（95％CI=1.057-5.674，P=0.037）;在隱性模型下(CCvsTT+CT)，rs33635CC基因型攜帶者DNA應答的可能性為rs33635TT+CT基因型攜帶者的2.551倍(95％CI=1.138-5.716，P=0.023);性別為DNA應答

30、的獨立影響因素，男性DNA應答的可能性降低。
　　 在共顯性模型(CCvsTT)和隱性模型下(CCvsTT+TC)，rs33635C等位基因攜帶者更易發(fā)生ALT應答(OR=3.587，95％CI=1.727-7.450，P=0.001;OR=3.840，95％CI=1.910-7.720，P＜0.001);性別與ALT應答相關(guān)，男性患者ALT應答的可能性均降低。
　　 4、GSPT2多態(tài)性位點rs974285與DNA應答

31、及ALT應答的關(guān)系
　　 尚未發(fā)現(xiàn)GSPT2多態(tài)性位點rs974285與DNA應答及ALT應答的相關(guān)性。
　　 5、KIFIB多態(tài)性位點rs17401966與DNA應答及ALT應答的關(guān)系
　　 rs17401966與DNA應答具有相關(guān)性，rs17401966G等位基因攜帶者更易發(fā)生DNA應答，在共顯性模型下(AGvsAA)，OR值為3.141（95％CI=1.826-5.403，P＜0.001），在顯性模型下(G

32、G+AGvsAA)，OR值為3.483（95％CI=2.045-5.932，P＜0.001）;在隱性模型下(GGvsAA+AG)，OR值為5.350(95％CI=1.176-24.347，P=0.030);性別、年齡為DNA應答的獨立影響因素，吸煙和飲酒對DNA應答無影響。
　　 rs17401966G等位基因攜帶者更易發(fā)生ALT應答，在共顯性模型(AGvsAA)和顯性模型(GG+AGvsAA)下，rs17401966與ALT應

33、答具有相關(guān)性(OR=1.941,95％CI=1.231-3.063,P=0.004;OR=1.687,95％CI=1.089-2.615，P=0.019);性別是ALT應答的獨立影響因素，年齡、吸煙及飲酒對ALT應答均無影響。
　　 結(jié)論:
　　 1、HLA-DQ多態(tài)性位點rs2856718與DNA應答無關(guān)聯(lián)，與ALT應答具有相關(guān)性，rs2856718G等位基因可能為ALT應答的保護性堿基。性別是DNA應答和ALT應答的

34、獨立影響因素，女性更容易出現(xiàn)DNA應答和ALT應答。
　　 2、HLA-DQ多態(tài)性位點rs9275572與DNA應答及ALT應答有關(guān)，rs9275572A等位基因攜帶者DNA應答和ALT應答的可能性增高，性別和年齡為DNA應答的獨立影響因素，性別為ALT應答的獨立影響因素。
　　 3、GSPT1rs33635C等位基因是DNA應答和ALT應答的保護性因素，女性DNA應答和ALT應答的可能性更高。
　　 4、尚未發(fā)

35、現(xiàn)GSPT2多態(tài)性位點rs974285與DNA應答及ALT應答的關(guān)聯(lián)。
　　 5、KIF1Brs17401966G等位基因為DNA應答和ALT應答的保護性堿基，性別和年齡為DNA應答的獨立影響因素，性別為ALT應答的獨立影響因素。
　　 6、經(jīng)MDR分析，LAM治療后的DNA應答和ALT應答不僅受到遺傳因素的影響，同時又受到環(huán)境因素的影響，并存在基因-基因和基因-環(huán)境之間的復雜的交互作用。
　　 第三部分，HLA

36、-DP基因多態(tài)性與HBV感染的Meta分析
　　 目的:
　　 采用Meta分析的方法，對國內(nèi)外不同人群的研究結(jié)果進行綜合評價，以證實HLA-DP基因的rs3077和rs9277535兩個SNP位點是否與HBV感染及HBV自然清除有關(guān)。
　　 方法:
　　 以“rs3077”為檢索詞，檢索中國生物醫(yī)學文獻數(shù)據(jù)庫、中國學術(shù)期刊全文數(shù)據(jù)庫及Pubmed數(shù)據(jù)庫。共檢索到7篇文獻，以“rs9277535”為檢索詞

37、，共檢索到8篇文獻，經(jīng)過仔細閱讀，共8篇文獻納入meta分析，其中，有兩篇文獻分別包括4個階段的研究數(shù)據(jù)，共獲得16個亞組數(shù)據(jù)，有12個亞組數(shù)據(jù)用于rs3077位點的meta分析，14個亞組數(shù)據(jù)用于rs9277535位點的meta分析。提取納入文獻的信息如下:第一作者、出版年、研究設計類型、受試者來自的國家和種族、病例組和對照組的定義和數(shù)量、提取DNA和分型的方法。文獻未提供等位基因頻率的，利用相應的基因型計算，分別提取rs3077和r

38、s9277535位點的相關(guān)數(shù)據(jù)，本研究對rs3077和rs9277535位點的等位基因、共顯性模型、顯性模型及隱性模型進行了meta分析。計算優(yōu)勢比(OR)及其95％CI作為效應量。首先對納入分析的原始文獻進行Q檢驗，分析異質(zhì)性，根據(jù)異質(zhì)性檢驗結(jié)果，選擇固定效應模型或隨機效應模型求其效應合并值。用漏斗圖和Egger's檢驗進行發(fā)表偏倚分析，以P＜0.05為差異有統(tǒng)計學意義。所有數(shù)據(jù)用STATA10.0分析。
　　 結(jié)果:

39、　　 1、HLA-DPA1rs3077與HBV感染及HBV自然清除的關(guān)系
　　 經(jīng)meta分析，結(jié)果表明，攜帶HLA-DPA1rs3077A等位基因為HBV感染的保護性因素(OR=0.556，95％CI=0.527-0.586，P＜0.001)，攜帶HLA-DPA1rs3077A等位基因的個體感染HBV的風險降低，為攜帶HLA-DPA1rs3077G等位基因個體的0.556倍;在共顯性模型、顯性模型及隱性模型中結(jié)果相同（AGv

40、sGG，OR=0.522，95％CI=0.485-0.561，P＜0.001;AAvsGG,OR=0.350,95％CI=0.311-0.393,P＜0.001;GA+AAvsGG,OR=0.478,95％CI=0.446-0.513,P＜0.001;AAvsGA+GG,OR=0.480,95％CI=0.429-0.536，P＜0.001)。攜帶HLA-DPA1rs3077A等位基因的個體感染HBV后自然清除的可能性高，發(fā)展成CHB的可

41、能性降低(OR=0.654,95％CI=0.611-0.701,P＜0.001)，為攜帶HLA-DPA1rs3077G等位基因個體的0.654倍;在共顯性模型、顯性模型及隱性模型中結(jié)果相同（AGvsGG,OR=0.636,95％CI=0.577-0.702,P＜0.001;AAvsGG,OR=0.446,95％CI=0.383-0.520,P＜0.001;GA+AAvsGG,OR=0.595,95％CI=0.542-0.652，P＜0.

42、001;AAvsGA+GG,OR=0.565,95％CI=0.489-0.652,P＜0.001)。
　　 2、HLA-DPB1rs9277535與HBV感染及HBV自然清除的關(guān)系
　　 meta分析結(jié)果表明，攜帶HLA-DPA1rs9277535A等位基因為HBV感染的保護性因素（OR=0.582，95％CI=0.556-0.609，P＜0.001），攜帶HLA-DPBIrs9277535A等位基因的個體感染HBV的風

43、險降低，為攜帶HLA-DPB1rs9277535G等位基因個體的0.556倍;在共顯性模型、顯性模型及隱性模型中結(jié)果相同（AGvsGG，OR=0.542，95％CI=0.506-0.579，P＜0.00;AAvsGG,OR=0.371,95％CI=0.336-0.409,P＜0.00;GA+AAvsGG,OR=0.493,95％CI=0.462-0.525,P＜0.001;AAvsGA+GG,OR=0.516,95％CI=0.472-0

44、.564，P＜0.001）。攜帶HLA-DPB1rs9277535A等位基因的個體HBV自然清除的可能性高，發(fā)展成CHB的可能性降低(OR=0.663，95％CI=0.626-0.702，P＜0.001)，為攜帶HLA-DPB1rs9277535G等位基因個體的0.663倍;在共顯性模型、顯性模型及隱性模型中結(jié)果相同(AGvsGG，OR=0.623,95％CI=0.570-0.681,P＜0.001;AAvsGG,OR=0.464,95

45、％CI=0.412-0.523,P＜0.001;GA+AAvsGG,OR=0.577,95％CI=0.531-0.628,P＜0.001;AAvsGA+GG,OR=0.430,95％CI=0.390-0.474,P＜0.001)。
　　 結(jié)論:
　　 1、通過meta分析證實，攜帶HLA-DPA1rs3077A等位基因是HBV感染的保護性因素，攜帶此等位基因的個體感染HBV的風險降低，為攜帶rs3077G個體的0.556

46、倍;而且還證明HLA-DPA1rs3077A等位基因為HBV自然清除的保護性因素，攜帶該等位基因的個體HBV自然清除的可能性更高。
　　 2、通過meta分析證實，HLA-DPA1rs9277535A等位基因也是HBV感染和HBV自然清除的保護性因素，攜帶該等位基因的個體感染HBV的風險降低，為攜帶HLA-DPB1rs9277535G等位基因個體的0.556倍;攜帶HLA-DPB1rs9277535A等位基因的個體HBV自然清除