一套適合于玉米品種鑒定和DNA指紋庫(kù)構(gòu)建的SSR核心引物的確定.pdf

1、玉米品種DNA．指紋數(shù)據(jù)庫(kù)的構(gòu)建在玉米品種純度及真實(shí)性鑒定、品種權(quán)登記保護(hù)、區(qū)試及審定品種質(zhì)量監(jiān)控等方面具有重要應(yīng)用價(jià)值，對(duì)理清我國(guó)玉米種質(zhì)的血緣關(guān)系、雜種優(yōu)勢(shì)群劃分、種質(zhì)創(chuàng)新及新品種選育具有重要指導(dǎo)意義。本論文研究目的是以SSR標(biāo)記為技術(shù)手段，通過(guò)對(duì)玉米基因組SSR核心引物的篩選，軟件評(píng)估和設(shè)計(jì)引物、探討引物設(shè)計(jì)中的優(yōu)化問(wèn)題——改善GC含量過(guò)高引物的擴(kuò)增效果等玉米DNA指紋庫(kù)構(gòu)建的關(guān)鍵技術(shù)環(huán)節(jié)進(jìn)行了研究。本論文形成如下研究結(jié)果：

2、 (1)依據(jù)網(wǎng)上和文獻(xiàn)上提供的信息，從玉米數(shù)據(jù)庫(kù)公布的1900多對(duì)SSR引物中初步篩選出800對(duì)引物，通過(guò)實(shí)驗(yàn)室用15個(gè)骨干自交系復(fù)篩，統(tǒng)計(jì)196對(duì)引物的多態(tài)性信息。 (2)篩選出分布于玉米10條染色體的500對(duì)SSR引物，其中包含實(shí)驗(yàn)室篩選和文獻(xiàn)資料的高多態(tài)性引物，并構(gòu)建分子遺傳圖譜。 (3)利用15個(gè)雜交種對(duì)引物雜合帶型表現(xiàn)是否正常進(jìn)行篩選，剔除雜合率低的引物，確定一套在玉米染色體上均勻分布的多態(tài)性高、帶型分布合理

3、的建庫(kù)用的100對(duì)核心引物。從每條染色體的長(zhǎng)臂和短臂各取1對(duì)，20對(duì)作為建庫(kù)的基本核心引物，20對(duì)作為擴(kuò)展核心引物以作進(jìn)一步遺傳檢測(cè)備用。 (4)利用引物設(shè)計(jì)軟件對(duì)核心引物進(jìn)行重新優(yōu)化設(shè)計(jì)，確定了引物設(shè)計(jì)的原則，尤其是確定了玉米SSR引物的設(shè)計(jì)原則，并詳細(xì)說(shuō)明了引物設(shè)計(jì)的全過(guò)程。 (5)從引物設(shè)計(jì)角度分析原引物的問(wèn)題及原因，共設(shè)計(jì)了123個(gè)引物位點(diǎn)，其中合成了56個(gè)引物位點(diǎn)，145對(duì)引物，對(duì)合成的引物反復(fù)進(jìn)行研究，實(shí)驗(yàn)篩