用于大白菜品種核酸指紋庫構(gòu)建的SSR核心引物篩選.pdf

1、楊金雪用于大白菜品種核酸指紋庫構(gòu)建的ssR核心引物篩選摘要本研究利用ssR標記技術(shù)初步篩選出29對多態(tài)性引物，作為一套適合于大白菜品種核酸指紋庫構(gòu)建的核心引物，為構(gòu)建大白菜品種標準DNA指紋庫奠定了初步基礎(chǔ)。本研究的結(jié)果如下：1將來源于國際上已發(fā)表文獻中的2050對SSR引物與本實驗室開發(fā)的79對SSR引物，總共2129對引物與大白菜參考A基因組進行blaSt比對，確定引物所屬連鎖群及物理位置，結(jié)果得到已于大白菜基因組定位的覆蓋全基因組

2、10個連鎖群的SSR引物共544對。從263份大白菜自交系中選取12份骨干自交系作為sSR引物多態(tài)性篩選材料，從544對SSR引物中篩選出穩(wěn)定性好，多態(tài)性豐富，重復性好的引物共5l對，平均每個連鎖群含有引物在5對以上。2利用5l對多態(tài)性引物對263份自交系進行SSR擴增，結(jié)果均得到擴增清晰穩(wěn)定且單一的譜帶，在供試材料中共檢測出227個等位基因位點，每對引物檢測到等位基因210個，平均為4個。每個位點的多態(tài)性信息量(PIC值)變化范圍在O

3、208008154之間，平均為05159，其中PIC值最大的引物為N14803，PIC值最小的引物為CX272719，共有28對引物的PIc值大于05。3使用tassel40軟件對51對引物進行主成分分析(PCA)，結(jié)果表明：當主成分個數(shù)為27個時，51對引物的累積貢獻率可達到855％，從中挑選24對最具有代表性的SSR引物，結(jié)合引物的擴增效果、多態(tài)性、穩(wěn)定性及重復性、等位基因數(shù)量、引物的物理位置、PIC值和主成分分析結(jié)果等指標，初步確

4、定了一套含29對SSR引物的核心引物。4利用29對核心引物和51對多態(tài)性引物的基因分型結(jié)果分別對51份具有代表性的大白菜自交系進行聚類，比較分析兩個聚類圖，發(fā)現(xiàn)分類結(jié)果基本一致，并且均可按照成熟期和抱球方式進行劃分。這表明29對引物可以視為核心引物，以待進行后續(xù)研究。5利用29對核心引物和5l對多態(tài)性引物的基因分型結(jié)果分別再對263份大白菜自交系進行聚類比較，發(fā)現(xiàn)兩種聚類圖均大致被劃為兩類，第一類是以春夏大白菜為主；第二類是以秋大白菜為

5、主，并且按照抱球方式分成三個亞類：第一亞類為疊抱類型，第二亞類為擰抱類型，第三亞類為合抱類型。這表明兩種聚類結(jié)果相似度很高。因此，通過兩種聚類結(jié)果的比較分析，進一步證實了所選29對核心引物的代表性，也為下一步構(gòu)建大白菜品種DNA指紋庫提供了依據(jù)。關(guān)鍵詞：大白菜，ssR，核心引物，指紋圖譜楊金雪用于人白菜品種核酸指紋庫構(gòu)建的SSR核心引物篩選IⅡ目錄摘要IAbstmctII1引言111白菜簡介112遺傳多樣性研究1121遺傳多樣性研究方法

6、1122白菜遺傳多樣性研究現(xiàn)狀2123常用品種鑒定技術(shù)21231形態(tài)標記技術(shù)21232蛋白質(zhì)標記技術(shù)31233同工酶標記技術(shù)31234DNA指紋圖譜技術(shù)312341RFLP標記412342RAPD標記512343AFLP標記512344SSR標記613指紋圖譜技術(shù)在農(nóng)作物品種鑒定中的應用7131繪制新品種的指紋圖譜，保護專利權(quán)7132分析、檢驗品種的真實性及純度8133品種的親緣關(guān)系和分類研究914DNA指紋圖譜庫的構(gòu)建一9141構(gòu)建背