用于大白菜品種核酸指紋庫(kù)構(gòu)建的SSR核心引物篩選.pdf

1、楊金雪用于大白菜品種核酸指紋庫(kù)構(gòu)建的ssR核心引物篩選摘要本研究利用ssR標(biāo)記技術(shù)初步篩選出29對(duì)多態(tài)性引物，作為一套適合于大白菜品種核酸指紋庫(kù)構(gòu)建的核心引物，為構(gòu)建大白菜品種標(biāo)準(zhǔn)DNA指紋庫(kù)奠定了初步基礎(chǔ)。本研究的結(jié)果如下：1將來(lái)源于國(guó)際上已發(fā)表文獻(xiàn)中的2050對(duì)SSR引物與本實(shí)驗(yàn)室開(kāi)發(fā)的79對(duì)SSR引物，總共2129對(duì)引物與大白菜參考A基因組進(jìn)行blaSt比對(duì)，確定引物所屬連鎖群及物理位置，結(jié)果得到已于大白菜基因組定位的覆蓋全基因組

2、10個(gè)連鎖群的SSR引物共544對(duì)。從263份大白菜自交系中選取12份骨干自交系作為sSR引物多態(tài)性篩選材料，從544對(duì)SSR引物中篩選出穩(wěn)定性好，多態(tài)性豐富，重復(fù)性好的引物共5l對(duì)，平均每個(gè)連鎖群含有引物在5對(duì)以上。2利用5l對(duì)多態(tài)性引物對(duì)263份自交系進(jìn)行SSR擴(kuò)增，結(jié)果均得到擴(kuò)增清晰穩(wěn)定且單一的譜帶，在供試材料中共檢測(cè)出227個(gè)等位基因位點(diǎn)，每對(duì)引物檢測(cè)到等位基因210個(gè)，平均為4個(gè)。每個(gè)位點(diǎn)的多態(tài)性信息量(PIC值)變化范圍在O

3、208008154之間，平均為05159，其中PIC值最大的引物為N14803，PIC值最小的引物為CX272719，共有28對(duì)引物的PIc值大于05。3使用tassel40軟件對(duì)51對(duì)引物進(jìn)行主成分分析(PCA)，結(jié)果表明：當(dāng)主成分個(gè)數(shù)為27個(gè)時(shí)，51對(duì)引物的累積貢獻(xiàn)率可達(dá)到855％，從中挑選24對(duì)最具有代表性的SSR引物，結(jié)合引物的擴(kuò)增效果、多態(tài)性、穩(wěn)定性及重復(fù)性、等位基因數(shù)量、引物的物理位置、PIC值和主成分分析結(jié)果等指標(biāo)，初步確

4、定了一套含29對(duì)SSR引物的核心引物。4利用29對(duì)核心引物和51對(duì)多態(tài)性引物的基因分型結(jié)果分別對(duì)51份具有代表性的大白菜自交系進(jìn)行聚類，比較分析兩個(gè)聚類圖，發(fā)現(xiàn)分類結(jié)果基本一致，并且均可按照成熟期和抱球方式進(jìn)行劃分。這表明29對(duì)引物可以視為核心引物，以待進(jìn)行后續(xù)研究。5利用29對(duì)核心引物和5l對(duì)多態(tài)性引物的基因分型結(jié)果分別再對(duì)263份大白菜自交系進(jìn)行聚類比較，發(fā)現(xiàn)兩種聚類圖均大致被劃為兩類，第一類是以春夏大白菜為主；第二類是以秋大白菜為

5、主，并且按照抱球方式分成三個(gè)亞類：第一亞類為疊抱類型，第二亞類為擰抱類型，第三亞類為合抱類型。這表明兩種聚類結(jié)果相似度很高。因此，通過(guò)兩種聚類結(jié)果的比較分析，進(jìn)一步證實(shí)了所選29對(duì)核心引物的代表性，也為下一步構(gòu)建大白菜品種DNA指紋庫(kù)提供了依據(jù)。關(guān)鍵詞：大白菜，ssR，核心引物，指紋圖譜楊金雪用于人白菜品種核酸指紋庫(kù)構(gòu)建的SSR核心引物篩選IⅡ目錄摘要IAbstmctII1引言111白菜簡(jiǎn)介112遺傳多樣性研究1121遺傳多樣性研究方法

6、1122白菜遺傳多樣性研究現(xiàn)狀2123常用品種鑒定技術(shù)21231形態(tài)標(biāo)記技術(shù)21232蛋白質(zhì)標(biāo)記技術(shù)31233同工酶標(biāo)記技術(shù)31234DNA指紋圖譜技術(shù)312341RFLP標(biāo)記412342RAPD標(biāo)記512343AFLP標(biāo)記512344SSR標(biāo)記613指紋圖譜技術(shù)在農(nóng)作物品種鑒定中的應(yīng)用7131繪制新品種的指紋圖譜，保護(hù)專利權(quán)7132分析、檢驗(yàn)品種的真實(shí)性及純度8133品種的親緣關(guān)系和分類研究914DNA指紋圖譜庫(kù)的構(gòu)建一9141構(gòu)建背