XAT軟件系統(tǒng)設(shè)計(jì)與實(shí)現(xiàn).pdf

1、本文的主要工作是通過(guò)研究序列比對(duì)算法，實(shí)現(xiàn)一個(gè)cDNA/mRNA序列與DNA序列的跨物種比對(duì)軟件XAT(cross-AlignmentTool)。本文主要借鑒了blastz軟件的跨物種方法和sim4軟件的intron與exon的邊界確定方法。本文實(shí)現(xiàn)的方法允許多條cDNA/mRNA序列與整個(gè)基因組的比對(duì)，同時(shí)給出結(jié)果的統(tǒng)計(jì)值，另外，XAT軟件通過(guò)設(shè)定配置文件，增加了用戶的使用方便性和靈活性，XAT軟件用C語(yǔ)言編寫，容易移植?！　”疚氖?/p>

2、先介紹了序列比對(duì)的概念、數(shù)學(xué)模型和一些通用的算法，主要闡述了一些已有的序列比對(duì)的算法和相應(yīng)的軟件?！　♂槍?duì)本文實(shí)現(xiàn)的XAT軟件，介紹了它的意義，詳細(xì)介紹了它的實(shí)現(xiàn)算法，并用C語(yǔ)言實(shí)現(xiàn)了XAT軟件，并介紹了XAT軟件的界面、配置文件和它的輸出結(jié)果的一些格式。　　本文的重點(diǎn)是如何實(shí)現(xiàn)cDNA/mRNA序列與整個(gè)基因組序列的比對(duì)，如何提高它的速度，如何實(shí)現(xiàn)它的跨物種特性和如何判定intron與exon的邊界，如何對(duì)于它的結(jié)果進(jìn)行統(tǒng)計(jì)上的描