雞重要表型性狀定位與候選基因的分析研究.pdf

1、y9 3 9 9 8 1分類號：密級；K Y Y 9 3 —9 9 8 1 - Y 9 4 0 0 0 0 ——單位代碼：1 0 0 1 9學、號：B 0 3 0 3 8 9飛蛾寰- t 文普博士學位論文雞重要表型性狀定位與候選基因的分析研究M a p p i n g a n d C a n d i d a t e G e n e A n a l y s i s f o r h n p o r t a n tT r a i t sL o

2、 c ii nC h i c k e n研 究 生： 毫主指 導 教 師： 奎寶數(shù)撞合作指導教師：察誨譬擘門零顰別： 登堂擅±專 避j 名 稱：一．生物位堂皇盆王生物堂研 褰， 方 向： 動物盆王遺佳所 瘸 學 院： 壘物堂院二零零六年六月中國農(nóng)業(yè)大學博士學位論文 A b s h ' a c tA b s t r a c tC h i c k e ni sn o to n l ya ni m p o r t a n t

3、a g r i c u l t u r a la n i m a l ，b u ta l s oam a j o rm o d e lo r g a n i s m ．I nM a r c h2 0 0 4 ，t h e d r a f to f t h e c h i c k e ng e n o m e s e q u e n c ew a s d e p o s i t e di n t of r e e p u b l i cd

4、 a t a b a s e s ．T h e r ew a st h er e l e a s eo f ah i g l l q u a l i t yd r a f tg e n o m e s e q u e n c ea t6 ．6 Xc o v e r a g ea n d ag e n e t i cv a r i a t i o nm a p w i t h2 ．8m i l l i o ns i n g l en u

5、c l e o t i d ep o l y m o r p h i s m s f S N P s ) ．I tw a s u s e f u lt oc o m p a r ec h i c k e n w i t hm a m m a l s 刪f i s h ，t o p r e d i c tg e n e s t r u c t u r ea n d t od i s s e c tq u a l i t ya n dq u

6、 a n t i t a t i v et r a i t l o c ic o n t r o l l i n gi m p o r t a n t t r a i t s ．T h e r ea l s o a r ean u m b e ro f c h i c k e n l i n e st h a th a v eb e e ns e l e c t e df o rg r o w t h ，b o d yc o m p o

7、 s i t i o n ，e g gp r o d u c t i o n a n dd i s e a s er e s i s t a n c et r a i t s ．U s i n gd i f f e r e n te x p e r i m e n t a lo rc o m m e r c i a ll i n e s ，m a n ya r Lf o r v a r i o u st r a i t s h a v

8、eb e e nl o c a t e d ．I ti sa ni m p o r t a n tf i r s t s t e pi nt h ep r o c e s st oi n v e s t i g a t et h eg e n e t i cb a s i s ．I n t h i s s t u d y , ag e n o m es c a n n i n gw a sd o n et oe x a m i n eq

9、 u a l i t y a n dq u a n t i t a t i v et r a i t l o c i o n ac h i c k e nr e s o u r c eF 2p o p u l a t i o np r o d u c e df r o mr e c i p r o c a lc r o s s e so f S i t k yF o w la n dW h i t eP l y m o u t hR o

10、 c k ( c A U p o p u l a t i o n ) ．A g e n e t i c l i n k a g e m a ph a sb e e ne s t a b l i s h e db a s e d o nC A U p o p u l a t i o n ．T h i sm a pc o n t a i n s 1 3 1m i c r o s a t e l l i t e m a r k e r sa

11、n dd i s t r i b u t e s o n c h r o m o s o m e s I - 15 ，1 7 - 2 4 ．2 6 - 2 7 ，E 2 2 C 1 9 W 2 8 ，E 2 6 C ，3 ，E 5 0 C 2 3a n dZ ，a n dh a sa l e n g t ho f 3 3 0 9 ．4c M ，w i t h a3 ．6 1 ％d i f f e r e n c eb e t w e e

12、 n t h em a l ea n df e m a l ec h i c k e n ．Q T L r e g r e s s i o ni n t e r v a l m a p p i n gw a s p e r f o r m e db a s e d o nt h eC A Ug e n e t i c l i n k a g em a p ．T w ot y p e so fQ T L w e r ec o n s i

13、d e r e d ，s t a t i c Q T L a n d d e v e l o p m e n t a lQ T L ．S t a t i c Q T La f f e c t e dt h e b o d yw e i g h tf r o mb i r t ht ot i m et ，a n dd e v e l o p m e n t a lQ T L a f f e c t e dt h eb o d yw e t

14、 g h tf r o mt i m et - 1 t ot i m e t ．T h e r e w e r e 7 s t a t i cQ T L a n d9d e v e l o p m e n t a lQ T L a f f e c t i n gb o d yw e t g h t s ．A l s ot h e r ew e r e7 s t a t i cQ T L a n d6d e v e l o p m e n

15、 t a lQ T L a f f e c t i n g s h a n kl e n g t h s ．E i g h t e e nQ T L f o rc a r c a s s t r a i t sa n d2 6 Q T L f o rb o d y s i z ew e r ed e t e c t e d ．O ft h e s eQ T L ．n i n eQ T L r e a c h e d ag e n o m

16、 e —w i d e s i g n i f i c a n c eo fl ％．T h e yw e r eD Q W I ( 0 c M o nG G A I ) ，Q C B 2 3 ( 3 6 c Mo nG G A I ) ，S Q W I ( 4 0 c Mo nG G A l ) ' Q C B l 7 ( 1 5 5 c M o nG G A l ) ，Q C B l 9 ( I 9 4 c Mo nG O A

17、 t ) , Q C B 2 K 2 2 c M 0 nG G A 2 ) ，S Q S I ( 7 0 c Mo nG G A 2 ) ，D Q S 2 ( 7 4 c Mo nG G A 2 ) ，a n dQ C B 6 ( 2 9 7 c M o nG G A 3 ) ．S o m eq u a l i t y t r a i t s w e r ea n a l y z e db a s e do nt h eC A U g

18、e n e t i cl i n k a g em a p ．T h es i l k i n e s st r a i tw a sl o c a t e dt h ec h r o m o s o m e3 ．T h ec r e s tt r a i lw a sm a p p e do nE 2 2 C 1 9 W 2 8 l i n k a g eg r o u p ．T h e r ew a sO n el o c u so

19、 nc h r o m o s o m e2a f f e c t i n gp o l y d a e t y l y ．A n d t h e r ew a so n e l o c u so nc h r o m o s o m e7 a f f e c t i n gc o m b s t r u c t u r e ．M o r et h a no n e l o c if o rb o d yc o l o rw e r e

20、f o u n do n d i f f e r e n t c h r o m o s o m e s ．A c c o r d i n g t o t h er e s u l t so f Q T L f o rb o d yw e i g h t ，ac a n d i d a t eg e n e o oc h r o m o s o m e 2 3w a s c h o s e n ，w h i c hw a ss i m

21、i l a rt o c o n n e c t i v e t i s s u eg r o w t hf a c t o r ( s C T G F ) ．T h e r e w a ss o m e w h a tr e l a t i o n s h i pb e t w e e n t h ep o l y m o r p h i s m o f s C T G F P E R p r o d u c t d i g e s

22、t e dw i t h r e s t r i c t i o ne n z y m eH h a la n d c h i c k e nb o d y w e i g h td u r i n ge a r l yg r o w t h p e r i o d ．E 2 2 C 1 9 W 2 8 l i n k a g eg r o u p w a se x t e n d e du s i n gF I S H , B A C

23、t e r m i n a ls e q u e n c i n ga n dc o m p a r a t i v em a p p i n g b a s e do n p r e l i m i n a r yr e s u l t ．T h e r ew e r ee i g h tm a r k e r so l lE 2 2 C 1 9 W 2 8 l i n k i n g t o c r e s t l o c u s