利用轉錄組分析研究柑橘砧穗間mRNA的移動.pdf

1、柑橘作為世界第一大果樹品種，由于具有較長的童期，柑橘育種受到了嚴重阻礙。在實際生產(chǎn)上采用嫁接技術可以有效縮短童期，避免實生繁殖帶來的開花晚、始果期遲、盛產(chǎn)期延后等現(xiàn)象。嫁接苗木的始果期可以由實生苗的6-8年縮短到3-5年，而且嫁接繁殖可以根據(jù)需要選擇不同的砧木，從而改善果實的品質和提高果實產(chǎn)量，使同一批苗木的各項生理生長習性高度保持一致。本實驗將克里曼丁橘嫁接于早實枳上，用接穗的母樹克里曼丁橘和未嫁接的早實枳作為對照。將它們分別進行轉錄

2、組測序后，進行生物信息學分析比較。利用接穗和砧木間特異的SNP作為標簽對mRNA進行標記，從而研究嫁接后接穗和砧木間mRNA的移動和嫁接后砧穗間基因表達變化。主要結果如下:
　　1、根據(jù)轉錄組測序分析可知，嫁接柑橘的砧木和接穗中有基因存在差異表達。而且基因表達量的變化砧木比接穗更明顯。嫁接后的砧木和對照組相比有598個基因表達量顯著上調，993個基因表達量顯著下調;而接穗嫁接后和對照組相比較只有53個基因表達量顯著上調，69個基因

3、表達量顯著下調。由此可知嫁接對植株的接穗部分基因表達量的影響小于對砧木部分;
　　2、比對分析發(fā)現(xiàn)，在接穗中檢測到砧木特異的SNP有563個，砧木中檢測到接穗特異的SNP有1268個;接穗中檢測到砧木的InDel有3個，砧木中檢測到接穗的InDel有33個。結果表明嫁接植株上的砧木和接穗間存在SNP和InDel的變化;而對于嫁接植物而言，無論是SNP還是InDel，砧木的變化總是比接穗的變化大，向下移動的數(shù)量總是比向上移動的數(shù)量多

4、;
　　3、以SNP作為標簽，利用嫁接前后砧穗組織中mRNA的SNP變化判斷嫁接植物中mRNA的移動。分析發(fā)現(xiàn)存在向上移動SNP的mRNA有452個，存在向下移動SNP的mRNA有960個，上下均有SNP移動的mRNA有16個;結果表明植物嫁接后在接穗和砧木間存在mRNA的移動。而且向上移動的mRNA比向下移動的mRNA少，同時還存在少部分的mRNA可以在砧穗間雙向移動;
　　4、將驗證后存在可以移動的mRNA的基因分別在克