玉米雌穗發(fā)育相關(guān)miRNA靶基因的降解組分析.pdf

1、玉米雌穗發(fā)育異常將導(dǎo)致空桿、結(jié)實(shí)不良等現(xiàn)象，對(duì)玉米產(chǎn)量造成嚴(yán)重影響。先前對(duì)玉米雌穗的研究多集中在玉米授粉后籽粒的發(fā)育等方面，從 miRNAs調(diào)控方面對(duì)玉米雌穗早期發(fā)育的研究較少，我們運(yùn)用降解組測(cè)序技術(shù)對(duì)玉米雌穗發(fā)育過(guò)程中相關(guān)的miRNAs及靶基因進(jìn)行了分析，鑒定出雌穗發(fā)育過(guò)程中可能的關(guān)鍵性基因，為進(jìn)一步克隆研究雌穗發(fā)育相關(guān)基因奠定基礎(chǔ)。
　　MicroRNAs（miRNAs）是一類(lèi)具有20～24 nt序列長(zhǎng)度的不編碼蛋白質(zhì)的內(nèi)源小

2、分子RNA，這種非編碼RNA在各種動(dòng)物、植物及微生物物種中高度保守。植物的miRNA主要在轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)節(jié)基因的表達(dá)，在植物生長(zhǎng)發(fā)育等過(guò)程中發(fā)揮著重要作用。在本研究中，利用優(yōu)良玉米雜交種鄭單958的親本昌7-2和鄭58作為實(shí)驗(yàn)材料，運(yùn)用降解組測(cè)序等技術(shù)，對(duì)玉米雌穗發(fā)育相關(guān)的miRNA及其靶基因進(jìn)行了分析，并結(jié)合實(shí)時(shí)熒光定量 PCR（Real-time PCR）對(duì)玉米雌穗發(fā)育相關(guān)的表達(dá)差異明顯的miRNA和其靶基因進(jìn)行表達(dá)分析驗(yàn)證。主

3、要研究結(jié)果如下：
　　1.進(jìn)行Illumina測(cè)序后總共得到175214241次原始讀數(shù)，每個(gè)樣品平均獲得19468249次讀數(shù)。除去篩選接頭序列和短于18nt的序列后還有168052273次讀數(shù)，每個(gè)樣品平均18672474次凈讀數(shù)，范圍從16909865次到22244845次讀數(shù)。所有其他類(lèi)型的小RNA篩除后，還有共138600762次候選miRNA讀數(shù)，每個(gè)樣品平均15400084次讀數(shù)，范圍從11902891次到19538

4、721次讀數(shù)。候選的miRNA與玉米B73基因組（RefGen_v2）比對(duì)，在所有的樣品中，21nt的RNA最豐富，占總量61.60％。
　　2.將targetfinder中miRNA序列與mRNA序列的配對(duì)預(yù)測(cè)結(jié)果和降解組密度文件的結(jié)果相結(jié)合進(jìn)行靶基因的精確預(yù)測(cè)，共發(fā)現(xiàn)16個(gè)miRNA家族的95個(gè)miRNAs對(duì)應(yīng)47個(gè)靶基因。挑選出7個(gè)保守的miRNAs及其相應(yīng)的靶基因利用熒光定量PCR的方法進(jìn)行表達(dá)譜的構(gòu)建，顯現(xiàn)出的結(jié)果與測(cè)序