基于生物信息學(xué)方法預(yù)測篩選Blag2的B細胞和T細胞表位及突變體.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、目的：通過生物信息學(xué)方法預(yù)測德國小蠊過敏原Bla g2的B細胞和T細胞表位；采用定點突變計算結(jié)合能獲得關(guān)鍵氨基酸，并通過分子動力學(xué)模擬對其進行評價，以驗證篩選得到關(guān)鍵氨基酸，為制備低致敏原衍生物及過敏原疫苗提供理論依據(jù)。
　　方法:①運用DNAStar Protean、BPAP和BepiPred1.0三種方法預(yù)測 Bla g2的B細胞抗原表位；聯(lián)合 Net-MHCIIpan-3.0和Net-MHCII-2.2方法預(yù)測Bla g2的

2、T細胞表位。②使用FoldX軟件對所獲得的B細胞抗原表位進行氨基酸位點突變和評分，以獲取關(guān)鍵氨基酸位點。③采用Swiss-PDBviewer軟件對關(guān)鍵氨基酸位點進行突變構(gòu)建野生型復(fù)合物 wcBla g2及4個突變型復(fù)合物（Bla g2-D201A、 Bla g2-E233A、Bla g2-E233R、Bla g2-K251A）。④應(yīng)用 GROMACS軟件對構(gòu)建的5個復(fù)合物分子進行分子動力學(xué)模擬，并計算Bla g2突變前后與單克隆抗體m4

3、c3結(jié)合自由能的變化。
　　結(jié)果：①預(yù)測得到Bla g2的8個B細胞表位肽，分別是：第1號肽55KYEKLKP61、第2號肽79SAVGRGIE86、第3號肽124AAPGCPNAL132、第4號肽157RFQDGE162、第5號肽200GDTTVAPAGTQAIID214、第6號肽223PKAYVNPINE233、第7號肽241TRRICKLDCSKIPSL255、第8號肽288PXGHSDHF295；聯(lián)合Net-MHCIIpa

4、n-3.0和Net-MHCII-2.2預(yù)測得到Bla g2有2條強結(jié)合的T細胞表位（IC50＜50nm）和34條弱結(jié)合的T細胞表位（50nm＜IC50＜500nm）。②通過FoldX軟件成功篩選到第5肽中的200、201、202號、第6肽中第230、233號及第7肽中第251、253號共7個關(guān)鍵氨基酸位點。③成功構(gòu)建野生型復(fù)合物wcBla g2及4個突變型（Bla g2-D201A、Bla g2-E233A、Bla g2-E233R、B

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