基于cpDNA和nDNA多基因位點(diǎn)序列研究大豆屬物種的系統(tǒng)發(fā)生關(guān)系.pdf

1、本研究選取了來(lái)自國(guó)內(nèi)外具有一定代表性的Soja亞屬和Glycine亞屬共16個(gè)種81份材料，通過(guò)利用實(shí)驗(yàn)室前期的已測(cè)序數(shù)據(jù)和數(shù)據(jù)庫(kù)中的大豆重測(cè)序數(shù)據(jù)，對(duì)野生大豆和栽培大豆中均未發(fā)現(xiàn)變異位點(diǎn)的基因進(jìn)行篩選，以期挖掘出新的適用于大豆屬系統(tǒng)發(fā)育研究的核基因；同時(shí)結(jié)合文獻(xiàn)中挑選的基因序列信息，重構(gòu)大豆屬的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)，為后續(xù)對(duì)大豆屬進(jìn)行近一步的研究奠定基礎(chǔ)。主要結(jié)果如下：
　　1、本文共挑選了14個(gè)基因片段，其中從文獻(xiàn)中挑選了4個(gè)cpDNA

2、片段，3個(gè)nDNA片段；從實(shí)驗(yàn)室數(shù)據(jù)和重測(cè)序數(shù)據(jù)中，篩選出7個(gè)新的引物通性較高、變異速率適中（約10％）、易裝配的低拷貝的核基因片段。
　　2、4個(gè)cpDNA片段，測(cè)序長(zhǎng)度共2068bp，SNP位點(diǎn)95個(gè)，θ值0.00925，π值0.01100；3個(gè)nDNA片段，測(cè)序長(zhǎng)度共1074bp，SNP位點(diǎn)170個(gè)，θ值0.03188，π值0.03223；7個(gè)新的nDNA片段，測(cè)序長(zhǎng)度共2567bp，SNP位點(diǎn)258個(gè)，θ值0.02024，

3、π值0.01705。
　　3、對(duì)大豆屬各種內(nèi)遺傳多樣性進(jìn)行分析，不同物種的遺傳多樣性差異較大。其中G.can、G.cla、G.tab、G.tom四個(gè)種的π值和θ值相對(duì)較高，并且G.tab的π值和θ值明顯高出其它種，說(shuō)明其種內(nèi)差異較大。
　　4、對(duì)大豆屬進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育分析，大豆屬被分為黃豆亞屬和大豆亞屬兩個(gè)大支；大豆亞屬內(nèi)又被劃分為3個(gè)主要的分支。該研究結(jié)果在大支的劃分上與前人的研究結(jié)果相一致。單獨(dú)基于不同類(lèi)型的基因數(shù)據(jù)進(jìn)行建樹(shù)

4、分析，結(jié)果表明分別基于葉綠體基因與核基因構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)在Glycine亞屬內(nèi)的劃分明顯不同。
　　5、單獨(dú)基于葉綠體基因與核基因構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)中，G.tabacina均被劃分為兩組，一組是來(lái)自國(guó)內(nèi)的品種G.tab6-G.tab10（2n=80），一組是來(lái)自澳大利亞的品種G.tab1-G.tab5（2n=40）。推測(cè)可能是由于四倍體的G.tabacina（2n=80）是古多倍體復(fù)合體，與二倍體G.tabacina之間的遺傳差異較