本地化生物信息學(xué)平臺(tái)的完善和大批量水稻數(shù)據(jù)的分析.pdf

1、本實(shí)驗(yàn)室在過(guò)去的十年里積累了大量的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)，先后構(gòu)建了一個(gè)用秈稻明恢63全生育期的15個(gè)組織制備的平衡化cDNA文庫(kù)和一個(gè)含有12萬(wàn)多水稻突變體家系的資源庫(kù)，這為建立本地化的生物信息學(xué)平臺(tái)和系統(tǒng)分析大批量水稻數(shù)據(jù)提供了良好的基礎(chǔ)。在前人的基礎(chǔ)上，本研究主要從以下幾個(gè)方面開(kāi)展了工作： 1．隨機(jī)對(duì)明恢63均一化 cDNA文庫(kù)超過(guò)4萬(wàn)個(gè)克隆進(jìn)行5'末端測(cè)序，獲得了39208條秈稻表達(dá)序列標(biāo)簽(EST)，構(gòu)建了一個(gè)基于這些數(shù)據(jù)的水稻

2、EST數(shù)據(jù)庫(kù)(REDB)。 2．將原始EST序列，通過(guò)去污染、精處理及應(yīng)用ESTClustering程序分析，得到了17835條唯一序列，每條序列都初步認(rèn)為代表一個(gè)唯一基因。在這些序列中，2663條是新的，并且至少70條是秈稻所特有的。 3．用三種方法將明恢63序列與大量來(lái)自GenBank中的EST和全長(zhǎng)cDNA比較，在亞種間和亞種內(nèi)水平均發(fā)現(xiàn)了大量插入、缺失和替換等多態(tài)性現(xiàn)象。對(duì)比全部的表達(dá)序列間的多態(tài)性，亞種

3、間的出現(xiàn)頻率要高于亞種內(nèi)的。但是，不同的分析方法以及在不同水稻品種進(jìn)行各種多態(tài)性分析的結(jié)果是不穩(wěn)定的。 4．總共有15726條唯一序列，包括697新的序列，被定位到前人工作中檢測(cè)到的大量農(nóng)藝性狀的數(shù)量性狀位點(diǎn)(QTL)所在區(qū)間。這些結(jié)果可用于開(kāi)發(fā)遺傳圖譜上的新分子標(biāo)記，檢測(cè)與水稻品種間表型變異相關(guān)的等位多態(tài)性，以及通過(guò)候選基因法來(lái)加快QTL克隆。 5．秈亞種栽培稻占有世界水稻產(chǎn)品的最大面積，本研究首次對(duì)來(lái)自秈亞種

4、水稻cDNA序列進(jìn)行的系統(tǒng)分析，因此將對(duì)所有EST序列系統(tǒng)分析的結(jié)果包括聚類信息、功能分類、多態(tài)性數(shù)據(jù)、染色體定位信息、EST和QTL整合圖譜等信息都集成到了水稻EST數(shù)據(jù)庫(kù)中。 6．收集了大約12.9萬(wàn)個(gè)由Enhancer trap系統(tǒng)得到的T-DNA插入突變體信息，構(gòu)建了集管理和檢索為一體的水稻突變體數(shù)據(jù)庫(kù)(RMD，http：//rmd.ncp gr.cn)。收集到水稻突變體數(shù)據(jù)庫(kù)的信息包括突變體表型、報(bào)告基因表達(dá)模式、